version
PlantPromoterDB promoter information of AT4G26250.1

Summary of Gene (AT4G26250.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 4  
Locus AT4G26250  TAIR      NCBI 
Gene model AT4G26250.1  
Description Arabidopsis thaliana galactinol synthase 6 (AtGolS6); FUNCTIONS IN: transferase activity, transferring hexosyl groups, transferase activity, transferring glycosyl groups; INVOLVED IN: carbohydrate biosynthetic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: sperm cell, pedicel; EXPRESSED DURING: 4 anthesis; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycosyl transferase, family 8 (InterPro:IPR002495); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: AtGolS5 (Arabidopsis thaliana galactinol synthase 5); transferase, transferring glycosyl groups / transferase, transferring hexosyl groups (TAIR:AT5G23790.1); Has 887 Blast hits to 886 proteins in 202 species: Archae - 0; Bacteria - 78; Metazoa - 224; Fungi - 187; Plants - 285; Viruses - 64; Other Eukaryotes - 49 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 4: 13288641-13289840)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT4G26250.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence

 
AT4G26240.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence





 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G26250.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG4-13288956AT4G26240.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneGclone-13288970AT4G26240.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGAATAGGCC-1328900813289015AT4G26240.1
 AtREG424AATAGGCC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTATGGGCTGGGCTTC-1328901813289032AT4G26240.1
 AtREG477TATGGGCT        PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG454    GGCTGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG476       TGGGCTTC PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGAAACCGAA-1328904813289055AT4G26240.1
 AtREG568AAACCGAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGAATAGCCCATTTA-1328908713289099AT4G26240.1
 AtREG584AATAGCCC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG581  TAGCCCAT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG372   AGCCCATT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG386    GCCCATTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG443     CCCATTTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGTTAGGCCCAC-1328911313289123AT4G26240.1
 AtREG535GTTAGGCC    PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG360 TTAGGCCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG358  TAGGCCCA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG482   AGGCCCAC PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
REGACGTGTAC-1328917113289178AT4G26240.1
 AtREG562ACGTGTACABA, Auxin PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.