version
PlantPromoterDB promoter information of AT4G35300.2

Summary of Gene (AT4G35300.2)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 4  
Locus AT4G35300  TAIR      NCBI 
Gene model AT4G35300.2  
Description TONOPLAST MONOSACCHARIDE TRANSPORTER2 (TMT2); FUNCTIONS IN: carbohydrate transmembrane transporter activity, sugar:hydrogen symporter activity, nucleoside transmembrane transporter activity; INVOLVED IN: in 6 processes; LOCATED IN: plasma membrane, vacuole, membrane; EXPRESSED IN: 27 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Sugar transporter, conserved site (InterPro:IPR005829), General substrate transporter (InterPro:IPR005828), Sugar/inositol transporter (InterPro:IPR003663), Major facilitator superfamily, general substrate transporter (InterPro:IPR016196); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: TMT1 (TONOPLAST MONOSACCHARIDE TRANSPORTER1); carbohydrate transmembrane transporter/ nucleoside transmembrane transporter/ sugar:hydrogen symporter (TAIR:AT1G20840.1); Has 31955 Blast hits to 24066 proteins in 1440 species: Archae - 414; Bacteria - 13999; Metazoa - 6075; Fungi - 7762; Plants - 2061; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1644 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 4: 16802071-16800872)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT4G35300.2                      5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT4G35310.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G35300.2

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG5-16799755-684

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone-16799567-496

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTATAGGCCCGT-1679982816799838-757-767
 AtREG487TATAGGCC    PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG362 ATAGGCCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG429   AGGCCCGT PPDB MotifACGGGC  PLACE MotifGGGCC 
REGCCCAATTA-1679995916799966-888-895
 AtREG600CCCAATTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG13+16802008AT4G35310.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone+16802030AT4G35310.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGATCCAACG+1680189916801906AT4G35310.1
 AtREG586ATCCAACG PPDB MotifCCAACGG  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.