version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G01490.1

Summary of Gene (AT5G01490.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G01490  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G01490.1  
Description Encodes a cation/proton antiporter, a member of Low affinity calcium antiporter CAX2 family.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 197889-199088)

Genome position     
from initiation codon
AT5G01500.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT5G01490.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence







 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G01490.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA2+195511-78

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxTGTCTATATAAAG+195468195480-121-109
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGACACGCGTTTT+195457195467-132-122
 AtREG536ACACGCGT   ABA, Drought PPDB Motif  PLACE MotifACACNNG 
 AtREG633  ACGCGTTT  PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG566   CGCGTTTT PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG4+198957AT5G01500.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxTTTATAAATT+198916198925AT5G01500.1
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGAAGGCCCAACTGAGCCCACTA+198806198826AT5G01500.1
 AtREG353AAGGCCCA              PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356 AGGCCCAA             PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG449  GGCCCAAC            PPDB MotifGCCCA, CCAACGG  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG607   GCCCAACT           PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG485          TGAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG510            AGCCCACT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG532             GCCCACTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCTTGGGCCTTG+198851198861AT5G01500.1
 AtREG505CTTGGGCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356 TTGGGCCT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG353  TGGGCCTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG398   GGGCCTTG PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
REGCCCATTAAG+198867198875AT5G01500.1
 AtREG396CCCATTAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 
 AtREG604 CCATTAAG PPDB Motif  PLACE MotifTTAATGG 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.