version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G02960.1

Summary of Gene (AT5G02960.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G02960  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G02960.1  
Description 40S ribosomal protein S23 (RPS23B); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: cytosolic small ribosomal subunit, cytosolic ribosome, ribosome; EXPRESSED IN: guard cell, leaf; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal (InterPro:IPR005680), Ribosomal protein S12/S23 (InterPro:IPR006032), Nucleic acid-binding, OB-fold-like (InterPro:IPR016027), Nucleic acid-binding, OB-fold (InterPro:IPR012340); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 40S ribosomal protein S23 (RPS23A) (TAIR:AT3G09680.1); Has 6124 Blast hits to 6121 proteins in 1817 species: Archae - 180; Bacteria - 2807; Metazoa - 329; Fungi - 198; Plants - 755; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1855 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 694446-693247)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT5G02960.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence

 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G02960.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA161-694485-89

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-694485-89
TSS cloneGclone-694484-88
TSS cloneGclone-694483-87
TSS cloneGclone-694482-86
TSS cloneTclone-694481-85
TSS cloneGclone-694473-77

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTGATGGGCCAA-694553694563-157-167
 AtREG635TGATGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG403 GATGGGCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG490  ATGGGCCA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG484   TGGGCCAA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
REGCTTAATGGGCCTAC-694568694581-172-185
 AtREG604CTTAATGG       PPDB Motif  PLACE MotifTTAATGG 
 AtREG396 TTAATGGG      PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 
 AtREG357  TAATGGGC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG361   AATGGGCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG354    ATGGGCCT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG358     TGGGCCTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG435      GGGCCTAC PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
REGTAAAAGCCCAT-694584694594-188-198
 AtREG549TAAAAGCC    PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG409 AAAAGCCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG376  AAAGCCCA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378   AAGCCCAT PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGTAAAAGCCCAAAA-694632694644-236-248
 AtREG549TAAAAGCC      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG409 AAAAGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG376  AAAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407   AAGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG469    AGCCCAAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG529     GCCCAAAA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGATCCAACGGTTTAG-694656694669-260-273
 AtREG586ATCCAACG       PPDB MotifCCAACGG  PLACE Motif 
 AtREG554 TCCAACGG      PPDB MotifCCAACGG  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
 AtREG652     ACGGTTTA  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG511      CGGTTTAG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGGCCGGTTC-694768694775-372-379
 AtREG637GCCGGTTC PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.