PlantPromoterDB promoter information of AT5G03230.1

Summary of Gene (AT5G03230.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G03230 TAIR NCBI
Gene model	AT5G03230.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 18 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF584 (InterPro:IPR007608); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT5G60680.1); Has 199 Blast hits to 199 proteins in 15 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 2; Plants - 195; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 768636-769835)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G03230.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G03220.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G03230.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 + 769514 -122

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	+	769514	-122

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 769514 -122

TSS clone A clone + 769515 -121

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	769514	-122
TSS clone	`A`	clone	+	769515	-121

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCTCTATAAAAA + 769476 769487 -160 -149

Y Patch TCTCCTTC + 769506 769513 -130 -123

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCTCTATAAAAA`	+	769476	769487	-160	-149
Y Patch	`TCTCCTTC`	+	769506	769513	-130	-123
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TGTCGTTTA + 769404 769412 -232 -224

AtREG569 TGTCGTTT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG565 GTCGTTTA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TGTCGTTTA`		+	769404	769412	-232	-224
	AtREG569	`TGTCGTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG565	`GTCGTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 4 - 768866 AT5G03220.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	4	-	768866	AT5G03220.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone - 768848 AT5G03220.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	-	768848	AT5G03220.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTTCTCC - 768834 768843 AT5G03220.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTTCTCC`	-	768834	768843	AT5G03220.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CCGTCCGA - 768911 768918 AT5G03220.1

AtREG594 CCGTCCGA PPDB Motif PLACE Motif

REG TTAAACCGAA - 768950 768959 AT5G03220.1

AtREG473 TTAAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG514 TAAACCGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG568 AAACCGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG GTGGGGTG - 769015 769022 AT5G03220.1

AtREG618 GTGGGGTG PPDB Motif PLACE Motif