version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G06750.2

Summary of Gene (AT5G06750.2)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G06750  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G06750.2  
Description protein phosphatase 2C family protein / PP2C family protein; FUNCTIONS IN: protein serine/threonine phosphatase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: protein amino acid dephosphorylation; LOCATED IN: mitochondrion, protein serine/threonine phosphatase complex; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein phosphatase 2C, manganese/magnesium aspartate binding site (InterPro:IPR000222), Protein phosphatase 2C-related (InterPro:IPR001932), Protein phosphatase 2C (InterPro:IPR015655), Protein phosphatase 2C, N-terminal (InterPro:IPR014045); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: protein phosphatase 2C family protein / PP2C family protein (TAIR:AT5G66080.1); Has 3459 Blast hits to 3458 proteins in 213 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 1097; Fungi - 381; Plants - 1276; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 696 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 2089806-2088607)

Genome position     
from initiation codon
AT5G06750.3         
AT5G06755.1         
AT5G06760.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT5G06750.2                      5'->3' (-)
Promoter sequence



 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G06750.2

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA4-2089766-960

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCCGACCCGA-20898552089863-1049-1057
 AtREG375CCGACCCG  PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCCGAC 
 AtREG383 CGACCCGA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGGAACCGGTTTAG-20899932090004-1187-1198
 AtREG528GAACCGGT     PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG436  ACCGGTTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG412   CCGGTTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG511    CGGTTTAG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCACGTCATC-20886042088612AT5G06750.1, AT5G06750.3
 AtREG483CACGTCAT  PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG578 ACGTCATCABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
REGAAACGCGTTTT-20886872088697AT5G06750.1, AT5G06750.3
 AtREG633AAACGCGTTT  PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG566   CGCGTTTT PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.