version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G06750.3

Summary of Gene (AT5G06750.3)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G06750  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G06750.3  
Description protein phosphatase 2C family protein / PP2C family protein; FUNCTIONS IN: protein serine/threonine phosphatase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: protein amino acid dephosphorylation; LOCATED IN: mitochondrion, protein serine/threonine phosphatase complex; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein phosphatase 2C, manganese/magnesium aspartate binding site (InterPro:IPR000222), Protein phosphatase 2C-related (InterPro:IPR001932), Protein phosphatase 2C (InterPro:IPR015655), Protein phosphatase 2C, N-terminal (InterPro:IPR014045); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: protein phosphatase 2C family protein / PP2C family protein (TAIR:AT5G66080.1); Has 3459 Blast hits to 3458 proteins in 213 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 1097; Fungi - 381; Plants - 1276; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 696 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 2091095-2089896)

Genome position     
from initiation codon
AT5G06760.1         
AT5G06770.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT5G06750.3                      5'->3' (-)
Promoter sequence








 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G06750.3

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA2-2088420-175

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-2088459-214
TSS cloneAclone-2088419-174

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCACGTCATC-20886042088612-359-367
 AtREG483CACGTCAT  PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG578 ACGTCATCABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
REGAAACGCGTTTT-20886872088697-442-452
 AtREG633AAACGCGTTT  PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG566   CGCGTTTT PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone-2090423AT5G06760.1
TSS clone peakCclone-2090392AT5G06760.1
TSS cloneAclone-2090390AT5G06760.1
TSS cloneTclone-2090389AT5G06760.1
TSS cloneAclone-2090388AT5G06760.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGAACCGGTTTAG-20899932090004AT5G06750.2, AT5G06755.1
 AtREG528GAACCGGT     PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG436  ACCGGTTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG412   CCGGTTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG511    CGGTTTAG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGCTGACGTGTCGT-20904752090486AT5G06760.1
 AtREG440CTGACGTG    ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG517 TGACGTGT   ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG481  GACGTGTC  ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 
 AtREG478   ACGTGTCG ABA, DREB1Aox, Drought PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 
 AtREG428    CGTGTCGTABA, DREB1Aox, Ethylene, Drought PPDB Motif  PLACE Motif 
REGATGACACGTC-20904902090499AT5G06760.1
 AtREG438ATGACACG  ABA PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG389 TGACACGT ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 
 AtREG481  GACACGTCABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 
REGAACACGTGTA-20905502090559AT5G06760.1
 AtREG590AACACGTG  ABA, JA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 
 AtREG453  CACGTGTAABA, DREB1Aox PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACACNNG 
REGACACGCGT-20905952090602AT5G06760.1
 AtREG536ACACGCGTABA, Drought PPDB Motif  PLACE MotifACACNNG 
REGAAAACCGGGTT-20906352090645AT5G06760.1
 AtREG542AAAACCGG    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG455  AACCGGGT  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG516   ACCGGGTT PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.