version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G07110.1

Summary of Gene (AT5G07110.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G07110  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G07110.1  
Description PRENYLATED RAB ACCEPTOR 1.B6 (PRA1.B6); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: vesicle-mediated transport; LOCATED IN: endoplasmic reticulum; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Prenylated rab acceptor PRA1 (InterPro:IPR004895); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: PRA1.B3 (PRENYLATED RAB ACCEPTOR 1.B3) (TAIR:AT5G05380.1); Has 421 Blast hits to 421 proteins in 111 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 105; Fungi - 72; Plants - 208; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 36 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 2203171-2204370)

Genome position     
from initiation codon
AT5G07090.1         
AT5G07090.2         
AT5G07100.1         
AT5G07100.2         
TSS from cDNA
TSS information
AT5G07110.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence

 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G07110.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG13+2206098-23

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone+2206020-101
TSS cloneCclone+2206101-20

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTCTCTCT+22060742206082-47-39
Y PatchCTTCTCCTCTTCTCC+22061252206139418
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA5+2203421AT5G07100.1
TSS peakG10+2203548AT5G07100.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone+2203550AT5G07100.1
TSS cloneTclone+2203645AT5G07100.1
TSS cloneAclone+2204253AT5G07100.1, AT5G07100.2

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGACGACACC+22032312203238AT5G07100.1
 AtREG599ACGACACC PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.