version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G08415.1

Summary of Gene (AT5G08415.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G08415  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G08415.1  
Description lipoic acid synthase family protein; FUNCTIONS IN: lipoic acid synthase activity, iron-sulfur cluster binding, lipoate synthase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: lipoic acid biosynthetic process, lipoate biosynthetic process, metabolic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aldolase-type TIM barrel (InterPro:IPR013785), Lipoate synthase (InterPro:IPR003698), Elongator protein 3/MiaB/NifB (InterPro:IPR006638), Radical SAM (InterPro:IPR007197); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: LIP1 (LIPOIC ACID SYNTHASE 1); lipoic acid synthase (TAIR:AT2G20860.1); Has 5746 Blast hits to 5746 proteins in 1192 species: Archae - 36; Bacteria - 2422; Metazoa - 113; Fungi - 91; Plants - 53; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3031 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 2714101-2712902)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT5G08415.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence






 
AT5G08420.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence






 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G08415.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA4-2713124-23

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-2713235-134
TSS cloneGclone-2713228-127

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTTGGCCCAATAT-27132772713288-176-187
 AtREG484TTGGCCCA     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG420 TGGCCCAA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG352  GGCCCAAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG355   GCCCAATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG509    CCCAATAT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTACTGGGCTTC-27132942713304-193-203
 AtREG434TACTGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG476   TGGGCTTC PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGTGTTGGGCTTTAA-27133272713339-226-238
 AtREG543TGTTGGGC      PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifCAACA 
 AtREG574 GTTGGGCT     PPDB MotifGCCCA, CCAACGG  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407  TTGGGCTT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG376   TGGGCTTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG365    GGGCTTTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG545     GGCTTTAA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTATTGGGCT-27133592713367-258-266
 AtREG355TATTGGGC  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG402 ATTGGGCT PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGCGCCGTTTT-27133832713391-282-290
 AtREG524CGCCGTTT  PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG531 GCCGTTTT PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA18+2713413AT5G08420.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone+2713413AT5G08420.1
TSS cloneGclone+2713414AT5G08420.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGATATTGGGCCAA+27132772713288AT5G08420.1
 AtREG509ATATTGGG     PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG355 TATTGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG352  ATTGGGCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG420   TTGGGCCA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG484    TGGGCCAA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
REGGAAGCCCAGTA+27132942713304AT5G08420.1
 AtREG476GAAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG434   GCCCAGTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTTAAAGCCCAACA+27133272713339AT5G08420.1
 AtREG545TTAAAGCC      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG365 TAAAGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG376  AAAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407   AAGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG574    AGCCCAAC  PPDB MotifGCCCA, CCAACGG  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG543     GCCCAACA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifCAACA 
REGAGCCCAATA+27133592713367AT5G08420.1
 AtREG402AGCCCAAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG355 GCCCAATA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.