PlantPromoterDB promoter information of AT5G10960

Summary of Gene (AT5G10960)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G10960 TAIR NCBI
Gene model	AT5G10960
Description	CCR4-NOT transcription complex protein, putative; FUNCTIONS IN: ribonuclease activity, nucleic acid binding; INVOLVED IN: RNA modification; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribonuclease CAF1 (InterPro:IPR006941), Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold (InterPro:IPR012337); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: CCR4-NOT transcription complex protein, putative (TAIR:AT1G80780.2); Has 632 Blast hits to 624 proteins in 157 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 218; Fungi - 95; Plants - 219; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 100 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 3465431-3466630)

`Genome position from initiation codon` `AT5G10960.1 TSS from cDNA TSS information AT5G10960 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G10960

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 26 + 3464249 -332

TSS peak G 5 + 3464486 -95

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	26	+	3464249	-332
TSS peak	`G`	5	+	3464486	-95

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 3464218 -363

TSS clone C clone + 3464248 -333

TSS clone A clone + 3464249 -332

TSS clone C clone + 3464250 -331

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	3464218	-363
TSS clone	`C`	clone	+	3464248	-333
TSS clone	`A`	clone	+	3464249	-332
TSS clone	`C`	clone	+	3464250	-331

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCTCC + 3464230 3464237 -351 -344

Y Patch CCTCTCTCTCT + 3464257 3464267 -324 -314

Y Patch TTTCTCTCTC + 3464282 3464291 -299 -290

Y Patch CTCTTCCTC + 3464467 3464475 -114 -106

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCTCC`	+	3464230	3464237	-351	-344
Y Patch	`CCTCTCTCTCT`	+	3464257	3464267	-324	-314
Y Patch	`TTTCTCTCTC`	+	3464282	3464291	-299	-290
Y Patch	`CTCTTCCTC`	+	3464467	3464475	-114	-106
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACGTCGTC + 3464151 3464158 -430 -423

AtREG526 ACGTCGTC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG AAAACGGC + 3464182 3464189 -399 -392

AtREG531 AAAACGGC PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG TGACCCGA + 3464271 3464278 -310 -303

AtREG617 TGACCCGA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACGTCGTC`		+	3464151	3464158	-430	-423
	AtREG526	`ACGTCGTC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`AAAACGGC`		+	3464182	3464189	-399	-392
	AtREG531	`AAAACGGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`TGACCCGA`		+	3464271	3464278	-310	-303
	AtREG617	`TGACCCGA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None