PlantPromoterDB promoter information of AT5G13580

Summary of Gene (AT5G13580)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G13580 TAIR NCBI
Gene model	AT5G13580
Description	ABC transporter family protein; FUNCTIONS IN: ATPase activity, coupled to transmembrane movement of substances; INVOLVED IN: response to nematode; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: 10 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, C globular stage, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ABC transporter-like (InterPro:IPR003439), ABC-2 (InterPro:IPR000412), ABC-2 type transporter (InterPro:IPR013525), ABC transporter, conserved site (InterPro:IPR017871); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ATPase, coupled to transmembrane movement of substances (TAIR:AT3G55090.1); Has 224196 Blast hits to 205992 proteins in 2639 species: Archae - 4262; Bacteria - 155719; Metazoa - 7197; Fungi - 4037; Plants - 2654; Viruses - 9; Other Eukaryotes - 50318 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 4369879-4371078)

`Genome position from initiation codon` `AT5G13570.1 AT5G13580.1 TSS from cDNA TSS information AT5G13580 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G13580

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone + 4370767 -112

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	4370767	-112

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box ATCTATAAATA + 4370726 4370736 -153 -143

Y Patch CTCTTCTTTCCT + 4370771 4370782 -108 -97

Y Patch TTTCTTCTCC + 4370785 4370794 -94 -85

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`ATCTATAAATA`	+	4370726	4370736	-153	-143
Y Patch	`CTCTTCTTTCCT`	+	4370771	4370782	-108	-97
Y Patch	`TTTCTTCTCC`	+	4370785	4370794	-94	-85
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGCCTAAA + 4370495 4370502 -384 -377

AtREG430 GGCCTAAA PPDB Motif PLACE Motif

REG GGCCTAAA + 4370515 4370522 -364 -357

AtREG430 GGCCTAAA PPDB Motif PLACE Motif

REG AGCCCAAC + 4370703 4370710 -176 -169

AtREG574 AGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGCCTAAA`		+	4370495	4370502	-384	-377
	AtREG430	`GGCCTAAA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GGCCTAAA`		+	4370515	4370522	-364	-357
	AtREG430	`GGCCTAAA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AGCCCAAC`		+	4370703	4370710	-176	-169
	AtREG574	`AGCCCAAC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None