version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G17560.1

Summary of Gene (AT5G17560.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G17560  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G17560.1  
Description BolA-like family protein; FUNCTIONS IN: transcription regulator activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: BolA-like protein (InterPro:IPR002634); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: BolA-like family protein (TAIR:AT1G55805.1); Has 1368 Blast hits to 1368 proteins in 267 species: Archae - 2; Bacteria - 509; Metazoa - 31; Fungi - 15; Plants - 67; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 744 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 5787474-5788673)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT5G17560.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence






 
AT5G17550.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence







 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G17560.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA4+5788454-20
TSS peakA4+5788469-5

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGATCCAACGG+57882985788306-176-168
 AtREG586ATCCAACG  PPDB MotifCCAACGG  PLACE Motif 
 AtREG554 TCCAACGG PPDB MotifCCAACGG  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
REGAAAGCCCATTAAG+57883675788379-107-95
 AtREG376AAAGCCCA      PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378 AAGCCCAT     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG372  AGCCCATT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG357   GCCCATTA   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG396    CCCATTAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 
 AtREG604     CCATTAAG PPDB Motif  PLACE MotifTTAATGG 
REGTAAGCCCATTT+57883985788408-76-66
 AtREG426TAAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378 AAGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG372  AGCCCATT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG386   GCCCATTT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakAclone-5788239AT5G17550.1
TSS clone peakAclone-5788238AT5G17550.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTCTCTCTTCCTCT-57882165788229AT5G17550.1
Y PatchTTTCTCTCTTC-57882405788250AT5G17550.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCCGTTGGAT-57882985788306AT5G17550.1
 AtREG554CCGTTGGA  PPDB MotifCCAACGG  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
 AtREG586 CGTTGGAT PPDB MotifCCAACGG  PLACE Motif 
REGCTTAATGGGCTTT-57883675788379AT5G17550.1
 AtREG604CTTAATGG      PPDB Motif  PLACE MotifTTAATGG 
 AtREG396 TTAATGGG     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 
 AtREG357  TAATGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG372   AATGGGCT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378    ATGGGCTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG376     TGGGCTTT PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGAAATGGGCTTA-57883985788408AT5G17550.1
 AtREG386AAATGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG372 AATGGGCT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378  ATGGGCTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG426   TGGGCTTA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGGTGGCAAT-57884265788433AT5G17550.1
 AtREG654GTGGCAAT PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.