PlantPromoterDB promoter information of AT5G22440.1

Summary of Gene (AT5G22440.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G22440 TAIR NCBI
Gene model	AT5G22440.1
Description	60S ribosomal protein L10A (RPL10aC); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome, RNA binding; INVOLVED IN: translation, RNA processing; LOCATED IN: cytosolic ribosome, cytosolic large ribosomal subunit, ribosome, nucleolus; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L1 (InterPro:IPR002143), Ribosomal protein L1, 2-layer alpha/beta-sandwich (InterPro:IPR016094); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 60S ribosomal protein L10A (RPL10aA) (TAIR:AT1G08360.1); Has 3069 Blast hits to 3069 proteins in 947 species: Archae - 186; Bacteria - 1384; Metazoa - 354; Fungi - 122; Plants - 241; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 782 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 7437486-7436287)

`Genome position from initiation codon` `AT5G22440.2 AT5G22450.1 TSS from cDNA TSS information AT5G22440.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G22440.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 - 7436644 -158

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	-	7436644	-158

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 7436654 -168

TSS clone T clone - 7436651 -165

TSS clone G clone - 7436644 -158

TSS clone T clone - 7436643 -157

TSS clone T clone - 7436642 -156

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	7436654	-168
TSS clone	`T`	clone	-	7436651	-165
TSS clone	`G`	clone	-	7436644	-158
TSS clone	`T`	clone	-	7436643	-157
TSS clone	`T`	clone	-	7436642	-156

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCTTC - 7436606 7436613 -120 -127

Y Patch TCTTTCTCT - 7436645 7436653 -159 -167

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCTTC`	-	7436606	7436613	-120	-127
Y Patch	`TCTTTCTCT`	-	7436645	7436653	-159	-167
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TGTGGGCCTAAATACTGGGCTTTAA - 7436730 7436754 -244 -268

AtREG612 TGTGGGCC                  DREB1Aox PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG482 GTGGGCCT                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358   TGGGCCTA                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360    GGGCCTAA               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG430     GGCCTAAA              PPDB Motif PLACE Motif

AtREG434             TACTGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376                TGGGCTTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG365                 GGGCTTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG545                  GGCTTTAA PPDB Motif PLACE Motif

REG ATAAGGCCTATA - 7436773 7436784 -287 -298

AtREG425 ATAAGGCC     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG649    AGGCCTAT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG487     GGCCTATA PPDB Motif PLACE Motif

REG GGCTTTAA - 7436797 7436804 -311 -318

AtREG545 GGCTTTAA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TGTGGGCCTAAATACTGGGCTTTAA`		-	7436730	7436754	-244	-268
	AtREG612	`TGTGGGCC`	DREB1Aox	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG482	`GTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG358	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG360	`GGGCCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG430	`GGCCTAAA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG434	`TACTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG365	`GGGCTTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG545	`GGCTTTAA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATAAGGCCTATA`		-	7436773	7436784	-287	-298
	AtREG425	`ATAAGGCC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG649	`AGGCCTAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG487	`GGCCTATA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GGCTTTAA`		-	7436797	7436804	-311	-318
	AtREG545	`GGCTTTAA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None