version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G23300

Summary of Gene (AT5G23300)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G23300  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G23300  
Description dihydroorotate dehydrogenase, catalyses fourth step of pyrimidine biosynthesis  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 7851243-7850044)

Genome position     
from initiation codon
AT5G23300.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT5G23300                        5'->3' (-)
Promoter sequence





 
AT5G23310.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence







 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G23300

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakGclone-7850404-161
TSS clone peakAclone-7850403-160

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCGAACCGGA-78504467850454-203-211
 AtREG423CGAACCGG  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG579 GAACCGGA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTTAAACCGGT-78504597850468-216-225
 AtREG473TTAAACCG   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG412 TAAACCGG  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG436  AAACCGGT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGCCGGTTAA-78504747850481-231-238
 AtREG501CCGGTTAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
REGCAAACCGGTTAA-78504987850509-255-266
 AtREG496CAAACCGG     PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG436 AAACCGGT    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG503   ACCGGTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
 AtREG501    CCGGTTAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA8+7850523AT5G23310.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneGclone+7850547AT5G23310.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTTTCTCT+78505337850540AT5G23310.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGTTCGGTT+78503847850391AT5G23310.1
 AtREG556GTTCGGTT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTTTCCGGTTCG+78504447850454AT5G23310.1
 AtREG644TTTCCGGT    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG534 TTCCGGTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG579  TCCGGTTC  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG423   CCGGTTCG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGACCGGTTTAA+78504597850468AT5G23310.1
 AtREG436ACCGGTTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG412 CCGGTTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG473  CGGTTTAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTTAACCGG+78504747850481AT5G23310.1
 AtREG501TTAACCGG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.