version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G40150.1

Summary of Gene (AT5G40150.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G40150  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G40150.1  
Description peroxidase, putative; FUNCTIONS IN: electron carrier activity, peroxidase activity, heme binding; INVOLVED IN: response to oxidative stress; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Haem peroxidase (InterPro:IPR010255), Plant peroxidase (InterPro:IPR000823), Haem peroxidase, plant/fungal/bacterial (InterPro:IPR002016); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: peroxidase, putative (TAIR:AT3G28200.1); Has 3213 Blast hits to 3199 proteins in 258 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 0; Fungi - 351; Plants - 2806; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 52 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 16061736-16060537)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT5G40150.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence




 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence




 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G40150.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA4-16060761-25

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone-16060773-37
TSS cloneCclone-16060772-36

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCCTCTTTC-1606078216060789-46-53
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGAAGCGCGTTTT-1606084116060851-105-115
 AtREG492AAGCGCGT    PPDB MotifACGCGC  PLACE Motif 
 AtREG566   CGCGTTTT PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
REGATAAACCGG-1606090916060917-173-181
 AtREG598ATAAACCG  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG412 TAAACCGG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGACCGGTTTAA-1606093116060940-195-204
 AtREG436ACCGGTTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG412 CCGGTTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG473  CGGTTTAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGCGAACCGA-1606095716060964-221-228
 AtREG575CGAACCGA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTCGGTTTAAACCGT-1606100916061022-273-286
 AtREG514TCGGTTTA       PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG473 CGGTTTAAACCG  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG652      TAAACCGT PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxTTATAAAAT+1606110316061111AT5G40155.1
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGACGCGCTT+1606084416060851AT5G40155.1
 AtREG492ACGCGCTT PPDB MotifACGCGC  PLACE Motif 
REGCCGGTTTAT+1606090916060917AT5G40155.1
 AtREG412CCGGTTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG598 CGGTTTAT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTTAAACCGGT+1606093116060940AT5G40155.1
 AtREG473TTAAACCG   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG412 TAAACCGG  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG436  AAACCGGT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTCGGTTCG+1606095716060964AT5G40155.1
 AtREG575TCGGTTCG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGACGGTTTAAACCGA+1606100916061022AT5G40155.1
 AtREG652ACGGTTTA       PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG473 CGGTTTAAACCG  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG514      TAAACCGA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.