version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G43440

Summary of Gene (AT5G43440)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G43440  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G43440  
Description encodes a protein whose sequence is similar to ACC oxidase  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 17454308-17453109)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT5G43440                        5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT5G43420.1         
AT5G43430.1         
AT5G43430.2         
AT5G43430.3         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence







 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G43440

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakGclone-17456657-49
TSS clone peakAclone-17456621-13

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakC2+17453607AT5G43430.1, AT5G43430.2, AT5G43430.3
TSS peakA2+17453615AT5G43430.1, AT5G43430.2, AT5G43430.3

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone+17453608AT5G43430.1, AT5G43430.2, AT5G43430.3
TSS cloneAclone+17453610AT5G43430.1, AT5G43430.2, AT5G43430.3
TSS cloneTclone+17453638AT5G43430.1, AT5G43430.2, AT5G43430.3

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGGCCTAAA+1745348617453493AT5G43430.1, AT5G43430.2, AT5G43430.3
 AtREG430GGCCTAAA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCTAAACCGGATTAAACCGAA+1745353917453558AT5G43430.1, AT5G43430.2, AT5G43430.3
 AtREG511CTAAACCG             PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG412 TAAACCGG            PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG521  AAACCGGA           PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG561   AACCGGAT          PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG473          TTAAACCG   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG514           TAAACCGA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG568            AAACCGAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.