version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G47080.1

Summary of Gene (AT5G47080.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G47080  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G47080.1  
Description Regulatory subunit beta of casein kinase II. purified CKB1 resulted in up 100-fold stimulation of casein kinase activity compared with the CKA1 activity alone. Forms a tetrameric complex with CKA1 (CKA1(2)CKB1(2)).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 19127397-19126198)

Genome position     
from initiation codon
AT5G47080.2         
AT5G47080.3         
TSS from cDNA
TSS information
AT5G47080.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence


 
AT5G47090.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence







 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G47080.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG18-19126575-178

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-19126611-214
TSS cloneAclone-19126565-168
TSS cloneAclone-19126548-151
TSS cloneAclone-19126547-150

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTTTCTCT-1912659419126602-197-205
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTTACCCCT-1912665619126663-259-266
 AtREG642TTACCCCT PPDB MotifACCCCT  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG13+19127260AT5G47090.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneGclone+19127260AT5G47090.1
TSS cloneGclone+19127266AT5G47090.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTGTCACGT+1912702919127036AT5G47090.1
 AtREG606TGTCACGTABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
REGATGGCCCAAGAAAGCCCAACA+1912715319127173AT5G47090.1
 AtREG437ATGGCCCA              PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG420 TGGCCCAA             PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG505  GGCCCAAG            PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG376          AAAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407           AAGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG574            AGCCCAAC  PPDB MotifGCCCA, CCAACGG  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG543             GCCCAACA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifCAACA 
REGTGTCACGTGAC+1912719719127207AT5G47090.1
 AtREG606TGTCACGT   ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG583 GTCACGTGAC PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.