version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G49510.1

Summary of Gene (AT5G49510.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G49510  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G49510.1  
Description PREFOLDIN 3 (PDF3); FUNCTIONS IN: unfolded protein binding; INVOLVED IN: protein folding; LOCATED IN: prefoldin complex; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Prefoldin alpha-like (InterPro:IPR004127), Prefoldin (InterPro:IPR009053), Prefoldin, subunit 3 (InterPro:IPR016655); Has 310 Blast hits to 310 proteins in 149 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 138; Fungi - 87; Plants - 23; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 62 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 20080779-20081978)

Genome position     
from initiation codon
AT5G49510.2         
TSS from cDNA
TSS information
AT5G49510.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence

 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G49510.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakT4+20080634-95

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone+20080615-114
TSS cloneAclone+20080621-108
TSS cloneGclone+20080639-90
TSS cloneTclone+20080645-84
TSS cloneGclone+20080648-81
TSS cloneAclone+20080670-59

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGATAAACCGGTTA+2008036920080380-360-349
 AtREG598ATAAACCG     PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG412 TAAACCGG    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG436  AAACCGGT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG503    ACCGGTTA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
REGTCAAAACGATGGGCTTA+2008038420080400-345-329
 AtREG653TCAAAACG          PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG378        ATGGGCTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG426         TGGGCTTA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGATAGGCCCAATAG+2008041120080423-318-306
 AtREG362ATAGGCCC      PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG358 TAGGCCCA     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356  AGGCCCAA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG352   GGCCCAAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG355    GCCCAATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG624     CCCAATAG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGAACCGGCCTAAT+2008051020080522-219-207
 AtREG637GAACCGGC      PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG506     GGCCTAAT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGAACCGCGT+2008053320080540-196-189
 AtREG441AACCGCGTDrought PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTAATGGGCCTG+2008055420080564-175-165
 AtREG357TAATGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG361 AATGGGCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG354  ATGGGCCT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG370   TGGGCCTG PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
REGGGCCTTTT+2008056820080575-161-154
 AtREG459GGCCTTTT PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.