version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G56700.1

Summary of Gene (AT5G56700.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G56700  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G56700.1  
Description F-box protein-related; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: FBD (InterPro:IPR013596), Cyclin-like F-box (InterPro:IPR001810), Leucine-rich repeat 2 (InterPro:IPR013101); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: F-box family protein (TAIR:AT5G60610.1); Has 668 Blast hits to 656 proteins in 7 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 666; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 22944191-22945390)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT5G56700.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence

 
AT5G56710.1         
AT5G56710.2         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence












 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G56700.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA4+22941788-203

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTGGCCCAGTA+2294167822941687-313-304
 AtREG458TGGCCCAG   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG384 GGCCCAGT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG434  GCCCAGTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTGATGGGCCTATA+2294172422941736-267-255
 AtREG635TGATGGGC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG403 GATGGGCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG354  ATGGGCCT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG358   TGGGCCTA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG362    GGGCCTAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG487     GGCCTATA PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG17-22944962AT5G56710.1, AT5G56710.2

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone-22944967AT5G56710.1, AT5G56710.2
TSS cloneTclone-22944963AT5G56710.1, AT5G56710.2
TSS cloneGclone-22944962AT5G56710.1, AT5G56710.2

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCATATATATG-2294499122945000AT5G56710.1, AT5G56710.2
Y PatchCTCTCTCTCTCTCTTTCT-2294491322944930AT5G56710.1, AT5G56710.2
Y PatchTTCTCTTCCTTC-2294497422944985AT5G56710.1, AT5G56710.2
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGAATAGGCCCATTAAAGCCCAAT-2294503522945056AT5G56710.1, AT5G56710.2
 AtREG424AATAGGCC               PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG362 ATAGGCCC              PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG358  TAGGCCCA             PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG354   AGGCCCAT            PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG361    GGCCCATT           PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG357     GCCCATTA          PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG396      CCCATTAA         PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 
 AtREG545          TTAAAGCC     PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG365           TAAAGCCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG376            AAAGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407             AAGCCCAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG402              AGCCCAAT PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGATTTGGGCCGTAAATGGGCTA-2294510622945126AT5G56710.1, AT5G56710.2
 AtREG421ATTTGGGC              PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG373 TTTGGGCC             PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG414  TTGGGCCG            PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG368   TGGGCCGT           PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG499    GGGCCGTA          PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG443          TAAATGGG    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG386           AAATGGGC   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG372            AATGGGCT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG581             ATGGGCTA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.