PlantPromoterDB promoter information of AT5G61380

Summary of Gene (AT5G61380)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G61380 TAIR NCBI
Gene model	AT5G61380
Description	Pseudo response regulator involved in the generation of circadian rhythms. TOC1 appears to shorten the period of circumnutation speed. TOC1 contributes to the plant fitness (carbon fixation, biomass) by influencing the circadian clock period. PRR3 may increase the stability of TOC1 by preventing interactions between TOC1 and the F-box protein ZTL. Expression of TOC1 is correlated with rhythmic changes in chromatin organization.

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 24674540-24675739)

`Genome position from initiation codon` `AT5G61380.1 TSS from cDNA TSS information AT5G61380 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G61380

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 17 + 24675084 -456

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	17	+	24675084	-456

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 24675085 -455

TSS clone G clone + 24675087 -453

TSS clone C clone + 24675107 -433

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	24675085	-455
TSS clone	`G`	clone	+	24675087	-453
TSS clone	`C`	clone	+	24675107	-433

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCTCTTT + 24675035 24675042 -505 -498

Y Patch TCTTTCTCTTCTC + 24675093 24675105 -447 -435

Y Patch CTCTTCTT + 24675107 24675114 -433 -426

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCTCTTT`	+	24675035	24675042	-505	-498
Y Patch	`TCTTTCTCTTCTC`	+	24675093	24675105	-447	-435
Y Patch	`CTCTTCTT`	+	24675107	24675114	-433	-426
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GATGACGTGGCCTTTT + 24674827 24674842 -713 -698

AtREG578 GATGACGT         ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG483 ATGACGTG        PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG419   TGACGTGG       PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA

AtREG388    GACGTGGC      PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG459         GGCCTTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG GTCCACGTCATC + 24674902 24674913 -638 -627

AtREG513 GTCCACGT     ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG419   CCACGTCA   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA

AtREG483    CACGTCAT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG578     ACGTCATC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG GGCCTAAA + 24674919 24674926 -621 -614

AtREG430 GGCCTAAA PPDB Motif PLACE Motif

REG CCATTAAG + 24674942 24674949 -598 -591

AtREG604 CCATTAAG PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

REG CAACGGTC + 24675008 24675015 -532 -525

AtREG553 CAACGGTC Auxin PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GATGACGTGGCCTTTT`		+	24674827	24674842	-713	-698
	AtREG578	`GATGACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
	AtREG483	`ATGACGTG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG419	`TGACGTGG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA`
	AtREG388	`GACGTGGC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG459	`GGCCTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GTCCACGTCATC`		+	24674902	24674913	-638	-627
	AtREG513	`GTCCACGT`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG419	`CCACGTCA`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA`
	AtREG483	`CACGTCAT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG578	`ACGTCATC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`GGCCTAAA`		+	24674919	24674926	-621	-614
	AtREG430	`GGCCTAAA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CCATTAAG`		+	24674942	24674949	-598	-591
	AtREG604	`CCATTAAG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTAATGG`
REG	`CAACGGTC`		+	24675008	24675015	-532	-525
	AtREG553	`CAACGGTC`	Auxin	PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None