version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G66400

Summary of Gene (AT5G66400)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G66400  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G66400  
Description Belongs to the dehydrin protein family, which contains highly conserved stretches of 7-17 residues that are repetitively scattered in their sequences, the K-, S-, Y- and lysine rich segments. ABA- and drought-induced glycine-rice dehydrin protein. The ABA-induced expression of RAB18 was reduced following ACC application, indicating that ethylene inhibits the ABA signaling pathway. RAB18 is also expressed in response to the formation of the phospholipid diacylglycerol pyrophosphate. COR47 and RAB18 double overexpressor plants are cold tolerant. Expressed in guard cells.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 26520853-26519654)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT5G66400                        5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT5G66410.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence







 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G66400

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-26519242-89
TSS clone peakTclone-26519241-88
TSS clone peakAclone-26519235-82
TSS cloneAclone-26519234-81

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGAAACCGGAC-2651927726519285-124-132
 AtREG521AAACCGGA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG573 AACCGGAC PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGCTGCCACG-2651933626519343-183-190
 AtREG468CTGCCACGABA PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA4+26519806AT5G66410.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneGclone+26519770AT5G66410.1
TSS cloneAclone+26519806AT5G66410.1
TSS cloneGclone+26519807AT5G66410.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTCTCCTCTCT+2651979026519800AT5G66410.1
Y PatchTCTCTTCTCT+2651982926519838AT5G66410.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGATTTGGGCTCA+2651966126519671AT5G66410.1
 AtREG421ATTTGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG469 TTTGGGCT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG533  TTGGGCTC  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG485   TGGGCTCA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGTGTGGGCCGTA+2651967426519684AT5G66410.1
 AtREG612TGTGGGCC   DREB1Aox PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG368  TGGGCCGT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG499   GGGCCGTA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
REGTTAGCCCATGG+2651969826519708AT5G66410.1
 AtREG571TTAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG581 TAGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG507   GCCCATGG PPDB MotifGCCCA, CCATGG  PLACE Motif 
REGCTAAGCCCTA+2651971626519725AT5G66410.1
 AtREG634CTAAGCCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG651  AAGCCCTA PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.