version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G67500.1

Summary of Gene (AT5G67500.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G67500  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G67500.1  
Description Encodes a voltage-dependent anion channel (VDAC: AT3G01280/VDAC1, AT5G67500/VDAC2, AT5G15090/VDAC3, AT5G57490/VDAC4, AT5G15090/VDAC5). VDACs are reported to be porin-type, beta-barrel diffusion pores. They are prominently localized in the outer mitochondrial membrane and are involved in metabolite exchange between the organelle and the cytosol.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 26934773-26935972)

Genome position     
from initiation codon
AT5G67488           
AT5G67488.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT5G67500.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence




 
AT5G67488.1         
AT5G67490.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence






 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G67500.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG5+26934651-572
TSS peakG74+26935163-60

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone+26934358-865
TSS cloneTclone+26935164-59
TSS cloneTclone+26935170-53
TSS cloneAclone+26935174-49

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTCTCTC+2693520026935207-23-16
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGAGTCGGTT+2693441326934420-810-803
 AtREG641AGTCGGTT PPDB MotifAACCG(G/A), CCGAC  PLACE MotifCCGAC, RCCGAC 
REGCTAGGCCC+2693442926934436-794-787
 AtREG475CTAGGCCC PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
REGCCGGTTCA+2693455426934561-669-662
 AtREG480CCGGTTCA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTTGGCCCAGTA+2693486926934879-354-344
 AtREG484TTGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG458 TGGCCCAG   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG384  GGCCCAGT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG434   GCCCAGTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCAAGCCCATCA+2693489326934903-330-320
 AtREG525CAAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378 AAGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG635   GCCCATCA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGGCCTAAC+2693491126934918-312-305
 AtREG535GGCCTAAC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTGACGTGGGCTGA+2693495926934971-264-252
 AtREG419TGACGTGG      PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA 
 AtREG609     TGGGCTGA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTATGGCCCAAC-2693477926934789AT5G67490.1
 AtREG479TATGGCCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG437 ATGGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG420  TGGCCCAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG449   GGCCCAAC PPDB MotifGCCCA, CCAACGG  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
REGTACTGGGCTTAT-2693479826934809AT5G67490.1
 AtREG434TACTGGGC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG426   TGGGCTTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG462    GGGCTTAT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGATTGGGCCTAG-2693481426934824AT5G67490.1
 AtREG352ATTGGGCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356 TTGGGCCT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG358  TGGGCCTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG475   GGGCCTAG PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
REGTACTGGGCCAA-2693486926934879AT5G67490.1
 AtREG434TACTGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG384 ACTGGGCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG458  CTGGGCCA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG484   TGGGCCAA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
REGTGATGGGCTTG-2693489326934903AT5G67490.1
 AtREG635TGATGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG378  ATGGGCTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG525   TGGGCTTG PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGGTTAGGCC-2693491126934918AT5G67490.1
 AtREG535GTTAGGCC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTCAGCCCACGTCA-2693495926934971AT5G67490.1
 AtREG609TCAGCCCA      PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG419     CCACGTCA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.