PlantPromoterDB promoter information of 006-024-C10

Summary of Gene (006-024-C10)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	7
Locus	Os07g0577600 NCBI
Gene model	006-024-C10
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 7: 24017232-24018431)

`Genome position from initiation codon` 006-021-H11 006-022-B11 006-022-D10 006-022-E02 006-022-F03 006-023-C11 006-024-C12 006-024-G12 006-026-C04 006-026-E05 006-026-E11 006-026-F09 006-026-H05 006-027-D03 006-028-C04 006-029-G10 006-030-A11 006-030-D12 006-031-G05 006-032-H06 006-033-A02 006-033-A06 006-034-B10 006-034-F07 006-035-A08 006-035-F07 006-036-A04 006-036-B04 006-037-D02 006-037-F12 006-037-H12 006-040-G12 006-040-H03 006-040-H06 006-042-B12 006-042-H10 006-044-G09 006-045-C04 006-046-B10 006-047-A05 006-048-D05 006-049-A08 006-050-C07 006-050-H10 006-051-G03 006-052-A01 006-052-A05 006-052-B03 006-052-D10 006-054-D03 006-055-A12 006-055-C05 006-055-F05 006-055-H10 006-056-A02 006-056-D07 006-057-A03 006-057-B06 006-057-H08 006-058-C04 006-058-F06 006-059-C10 006-059-G08 006-060-E10 006-061-B10 006-062-A05 006-062-B04 006-063-A04 006-063-D01 006-063-G12 006-064-D12 006-066-A03 006-066-C03 006-067-A03 006-067-G07 006-068-A06 006-069-D04 006-069-G05 006-070-H08 006-071-A05 006-071-H11 006-072-A07 006-072-B02 006-072-D11 006-072-H12 006-075-G06 006-077-B09 006-078-D01 006-078-D02 006-078-E05 006-078-G07 006-079-C03 006-079-F12 006-079-H01 006-080-D04 006-080-H04 006-081-A10 006-082-G02 006-082-H07 006-083-B03 006-085-A09 006-085-A12 006-085-F07 006-086-B11 006-086-D01 006-086-G04 006-087-E04 006-087-G09 006-088-E11 006-088-G10 006-088-H01 006-089-B04 006-089-D05 006-089-F07 006-089-H07 006-090-B06 006-090-H05 006-091-E11 006-092-H01 006-093-B08 006-093-C07 006-093-F02 006-093-G05 006-093-G06 006-094-D10 006-094-H07 006-095-G03 006-096-A06 006-096-E03 006-097-B03 006-097-D03 006-098-B07 006-098-G05 006-099-F05 006-100-H10 006-100-H12 006-101-A06 006-101-A08 006-101-A12 006-101-D04 006-101-G07 006-102-B12 006-102-E09 006-102-F02 006-103-D09 006-105-D05 006-105-D08 006-106-C07 006-106-F12 006-107-D01 006-109-C05 006-109-C08 006-109-D02 006-111-F03 006-112-C12 006-112-D08 006-113-A01 006-113-B03 006-113-C11 006-113-E07 006-113-F08 006-114-D08 006-114-H08 006-115-A08 006-115-A09 006-115-G05 006-117-B06 006-117-B09 006-117-F11 006-117-G10 006-117-H08 006-118-C06 006-118-G11 006-119-H03 006-120-D01 006-120-D12 006-120-H04 009-022-E12 009-044-H02 009-074-B08 009-145-B08 009-156-D09 009-163-F03 009-193-G03 AF010321 AK060987 AK070051 AK103966 AK104016 AK104127 AK104177 AK104283 AK104608 AK104651 AK119176 J065013J05 J065129D23 J065138E06 J065179N22 J065192A07 J065208G16 J075013K01 J075017B12 J075018O17 J075023H05 J075053L02 J075067I01 J075083D19 J075083G03 J075084F12 J075088K18 J075094A18 J075094I22 J075097E17 J075098I24 J075110K19 J075118G21 J075118J20 J075120G14 J075120H20 J075127H23 J075139M03 J075142E17 J075149N17 J075152A20 J075157N22 J075159K21 J075173B20 J075192N20 J075196A07 J075199N04 J080005P10 J080025I24 J080064D09 J080064N24 J080068B02 J080097K04 J080097K19 J080097N20 J100055P07 TSS from cDNA TSS information 006-024-C10 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of 006-024-C10

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone + 24017935 -47

TSS clone peak C clone + 24017946 -36

TSS clone G clone + 24017949 -33

TSS clone A clone + 24017950 -32

TSS clone A clone + 24017953 -29

TSS clone C clone + 24017955 -27

TSS clone A clone + 24017956 -26

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	+	24017935	-47
TSS clone peak	`C`	clone	+	24017946	-36
TSS clone	`G`	clone	+	24017949	-33
TSS clone	`A`	clone	+	24017950	-32
TSS clone	`A`	clone	+	24017953	-29
TSS clone	`C`	clone	+	24017955	-27
TSS clone	`A`	clone	+	24017956	-26

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCTCGCCC + 24017741 24017748 -241 -234

OsREG549 CCTCGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CGGGCCCCACC + 24017759 24017769 -223 -213

OsREG567 CGGGCCCC    PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif

OsREG641 GGGCCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG631   GGCCCCAC PPDB Motif PLACE Motif

OsREG612    GCCCCACC PPDB Motif PLACE Motif

REG CGCCACGTC + 24017785 24017793 -197 -189

OsREG448 CGCCACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGTGKC

OsREG585 GCCACGTC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGTGKC

REG CGCGACGCG + 24017838 24017846 -144 -136

OsREG556 CGCGACGC PPDB Motif PLACE Motif CGACG

OsREG559 GCGACGCG PPDB Motif PLACE Motif CGACG

REG GCCCATCC + 24017878 24017885 -104 -97

OsREG608 GCCCATCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCTCGCCC`		+	24017741	24017748	-241	-234
	OsREG549	`CCTCGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CGGGCCCCACC`		+	24017759	24017769	-223	-213
	OsREG567	`CGGGCCCC`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif
	OsREG641	`GGGCCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG631	`GGCCCCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG612	`GCCCCACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CGCCACGTC`		+	24017785	24017793	-197	-189
	OsREG448	`CGCCACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGTGKC`
	OsREG585	`GCCACGTC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGTGKC`
REG	`CGCGACGCG`		+	24017838	24017846	-144	-136
	OsREG556	`CGCGACGC`		PPDB Motif		PLACE Motif	`CGACG`
	OsREG559	`GCGACGCG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`CGACG`
REG	`GCCCATCC`		+	24017878	24017885	-104	-97
	OsREG608	`GCCCATCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None