version
PlantPromoterDB promoter information of 006-035-F07

Summary of Gene (006-035-F07)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 7  
Locus Os07g0577600        NCBI 
Gene model 006-035-F07  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 7: 24020083-24021282)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
006-035-F07                      5'->3' (+)
Promoter sequence

 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of 006-035-F07

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneCclone+24017935-898
TSS clone peakCclone+24017946-887
TSS cloneGclone+24017949-884
TSS cloneAclone+24017950-883
TSS cloneAclone+24017953-880
TSS cloneCclone+24017955-878
TSS cloneAclone+24017956-877

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCCTCGCCC+2401774124017748-1092-1085
 OsREG549CCTCGCCC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCGGGCCCCACC+2401775924017769-1074-1064
 OsREG567CGGGCCCC    PPDB MotifACGGGC  PLACE Motif 
 OsREG641 GGGCCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG631  GGCCCCAC  PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG612   GCCCCACC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCGCCACGTC+2401778524017793-1048-1040
 OsREG448CGCCACGT  PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGTGKC 
 OsREG585 GCCACGTC PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGTGKC 
REGCGCGACGCG+2401783824017846-995-987
 OsREG556CGCGACGC  PPDB Motif  PLACE MotifCGACG 
 OsREG559 GCGACGCG PPDB Motif  PLACE MotifCGACG 
REGGCCCATCC+2401787824017885-955-948
 OsREG608GCCCATCC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.