PlantPromoterDB promoter information of 006-047-A09

Summary of Gene (006-047-A09)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	7
Locus	Os07g0562700 NCBI
Gene model	006-047-A09
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 7: 23148307-23149506)

`Genome position from initiation codon` 003-111-G08 004-013-E07 006-021-D03 006-021-D07 006-021-F09 006-023-D01 006-024-F04 006-024-G09 006-024-G11 006-025-A10 006-025-B08 006-025-E10 006-025-F10 006-026-B04 006-026-C08 006-026-D03 006-026-F03 006-026-F08 006-026-F12 006-027-A10 006-027-C03 006-028-C03 006-029-E02 006-029-G05 006-030-A10 006-030-C06 006-030-D03 006-030-D06 006-030-G05 006-031-B10 006-031-D04 006-031-D11 006-031-H09 006-032-C09 006-032-H09 006-033-B02 006-033-B09 006-033-E01 006-033-F06 006-033-G03 006-034-A08 006-034-C09 006-034-F06 006-035-B12 006-035-C12 006-035-H04 006-035-H12 006-036-A05 006-036-A09 006-036-B10 006-036-C03 006-036-E06 006-037-H11 006-038-G01 006-039-B01 006-039-B12 006-039-C02 006-039-E06 006-039-G12 006-040-G07 006-041-H04 006-042-A11 006-042-E07 006-042-F12 006-043-C01 006-045-H12 006-046-A12 006-046-F03 006-047-A07 006-047-E10 006-047-G12 006-048-B04 006-049-D01 006-049-G02 006-049-G10 006-049-H04 006-050-D05 006-050-F05 006-051-B05 006-051-G12 006-052-D12 006-053-D06 006-054-H02 006-055-A03 006-055-C01 006-055-E07 006-055-H06 006-056-F06 006-057-D03 006-057-D05 006-057-G01 006-058-A03 006-058-B06 006-059-A09 006-059-H11 006-060-A04 006-060-A09 006-060-C11 006-060-D08 006-061-A04 006-061-E01 006-061-G10 006-061-H12 006-062-B07 006-062-G03 006-062-H12 006-063-D05 006-063-E04 006-063-F05 006-063-G05 006-064-B07 006-065-C11 006-065-H02 006-067-C12 006-067-F10 006-068-E02 006-068-G04 006-069-A02 006-071-A07 006-072-F11 006-072-F12 006-073-E12 006-073-F08 006-073-H07 006-074-A07 006-075-A12 006-075-B01 006-075-H10 006-075-H12 006-076-B06 006-077-A09 006-077-D05 006-078-C11 006-078-D12 006-078-E02 006-079-A01 006-079-E02 006-079-F03 006-080-G11 006-081-C02 006-081-C08 006-082-B06 006-082-C11 006-082-H04 006-083-E04 006-083-H12 006-084-C08 006-084-E07 006-084-E10 006-085-E06 006-085-E10 006-086-F06 006-087-D08 006-087-F03 006-087-F10 006-087-G07 006-088-A02 006-089-A04 006-089-B12 006-089-D06 006-089-D10 006-089-H05 006-090-C06 006-091-A03 006-091-E04 006-091-H12 006-092-A08 006-092-F01 006-092-G08 006-093-B12 006-093-D04 006-093-F01 006-094-A08 006-094-F01 006-094-F03 006-095-C12 006-095-E10 006-095-E12 006-095-G06 006-096-B12 006-096-C12 006-096-G02 006-097-D01 006-097-D07 006-097-F04 006-098-C07 006-098-D04 006-099-E06 006-099-F02 006-099-F10 006-100-A07 006-100-B10 006-100-G01 006-100-H06 006-101-D01 006-101-F03 006-102-A12 006-102-B11 006-102-C03 006-102-F11 006-103-A08 006-103-B06 006-103-D01 006-103-F02 006-104-B02 006-104-C01 006-104-F09 006-104-H11 006-105-A03 006-105-D09 006-106-B10 006-107-A06 006-107-C04 006-107-E03 006-107-F05 006-108-C09 006-109-C09 006-109-D10 006-109-E06 006-109-E10 006-110-A06 006-110-C11 006-111-A02 006-111-F02 006-112-A08 006-112-H06 006-113-A08 006-113-B01 006-113-C05 006-113-D01 006-113-D04 006-113-D06 006-113-E09 006-114-F06 006-116-B02 006-117-B07 006-117-G04 006-118-D01 006-118-D12 006-118-F12 006-118-G12 006-119-B08 006-120-E09 006-120-G05 006-120-G10 009-022-D12 009-051-H08 009-065-F05 009-070-A06 009-073-B07 009-092-C10 009-093-D03 009-103-B04 009-106-H08 009-120-B05 009-121-F05 009-122-B04 009-122-D08 009-123-F07 009-125-G02 009-128-F02 009-128-H07 009-131-C06 009-132-F08 009-133-G08 009-134-D09 009-135-F01 009-149-E11 009-153-H04 009-161-E04 009-163-A09 009-163-C05 009-163-E10 009-165-F04 009-166-A07 009-169-G12 009-172-G08 009-179-E06 009-181-F09 009-190-G07 009-191-D01 009-195-G02 AF022738 AK061512 AK068972 AK103926 AK103999 AK104224 AK104465 AK104495 AK109399 AK119533 AK119545 J013043L10 J013050A09 J023001G03 J023024D14 J023072E11 J023149E18 J033029B16 J065001O21 J065035B04 J065044D18 J065057F12 J065060A11 J065062G15 J065080F13 J065084N12 J065101D02 J065107C07 J065112N24 J065141I16 J065147D05 J065167H02 J065207K23 J075008E16 J075014F03 J075015O17 J075020H20 J075021E22 J075023N13 J075028H10 J075040F20 J075051L23 J075069G16 J075084F24 J075090H09 J075092M21 J075110C10 J075111J12 J075114L04 J075139E02 J075160M10 J075176J03 J075183I17 J075191N10 J075193D07 J075194M16 J075197K04 J080032I11 J080076M11 J080311J08 J080317E05 J090034L08 J100040D19 J100074C11 TSS from cDNA TSS information 006-047-A09 5'->3' (+) Promoter sequence AK068466 AK104858 AK120271 AY374513 AY374514 J013047M22 J013050C16 J013071C23 J013126F22 J013155K02 J013170J03 J033031C06 J033067N11 J033098C14 J033110O21 J065204B11 J090006M07 J090034G13 J090039H15 J090068M19 J090076F24 J090077N06 J090097E03 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of 006-047-A09

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone + 23147623 -34

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	23147623	-34

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTCCCCTT + 23147583 23147591 -74 -66

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTCCCCTT`	+	23147583	23147591	-74	-66
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTGGGTCCCA + 23147377 23147386 -280 -271

OsREG622 GTGGGTCC   PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

OsREG637 TGGGTCCC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

OsREG648   GGGTCCCA PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG GCCCGGCCCAAAA + 23147398 23147410 -259 -247

OsREG614 GCCCGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

OsREG538 CCCGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG542   CCGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG563    CGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG625     GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG592      GCCCAAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GCTGGGCCGAAA + 23147417 23147428 -240 -229

OsREG620 GCTGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG565 CTGGGCCG    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG658   TGGGCCGA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG642    GGGCCGAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG634     GGCCGAAA PPDB Motif PLACE Motif

REG ATCCGACGTGGC + 23147457 23147468 -200 -189

OsREG483 ATCCGACG     PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CGACG

OsREG585     GACGTGGC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGTGKC

REG GCCCAAAT + 23147505 23147512 -152 -145

OsREG493 GCCCAAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTGGGTCCCA`		+	23147377	23147386	-280	-271
	OsREG622	`GTGGGTCC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	OsREG637	`TGGGTCCC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	OsREG648	`GGGTCCCA`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
REG	`GCCCGGCCCAAAA`		+	23147398	23147410	-259	-247
	OsREG614	`GCCCGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG538	`CCCGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG542	`CCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG563	`CGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG625	`GGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG592	`GCCCAAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GCTGGGCCGAAA`		+	23147417	23147428	-240	-229
	OsREG620	`GCTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG565	`CTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG658	`TGGGCCGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG642	`GGGCCGAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG634	`GGCCGAAA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATCCGACGTGGC`		+	23147457	23147468	-200	-189
	OsREG483	`ATCCGACG`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CGACG`
	OsREG585	`GACGTGGC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGTGKC`
REG	`GCCCAAAT`		+	23147505	23147512	-152	-145
	OsREG493	`GCCCAAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None