PlantPromoterDB promoter information of 006-074-A02

Summary of Gene (006-074-A02)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	2
Locus	Os02g0666200 NCBI
Gene model	006-074-A02
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 27932613-27933812)

`Genome position from initiation codon` 006-021-D11 006-022-F02 006-022-H11 006-024-C03 006-026-G05 006-027-F11 006-028-G06 006-028-H05 006-030-H06 006-030-H12 006-031-C07 006-031-G01 006-033-F09 006-035-A01 006-035-A12 006-035-F04 006-036-G09 006-038-A01 006-038-A03 006-039-D08 006-042-C11 006-042-H06 006-044-E01 006-045-E05 006-046-G05 006-047-A03 006-048-H08 006-052-A07 006-053-A05 006-054-G06 006-056-D10 006-057-B07 006-058-F12 006-060-D01 006-061-A12 006-062-E02 006-063-F11 006-063-H02 006-066-F12 006-067-H12 006-068-B09 006-068-D08 006-071-A12 006-072-H06 006-074-F10 006-077-H10 006-078-G02 006-081-B03 006-084-H01 006-084-H02 006-084-H04 006-087-H08 006-090-B08 006-091-E10 006-093-G02 006-094-B12 006-094-E03 006-095-G07 006-095-H07 006-097-G08 006-098-E12 006-099-A04 006-099-E08 006-103-B12 006-103-F12 006-104-G02 006-105-F02 006-107-D12 006-108-F10 006-108-H05 006-110-G11 006-111-D10 006-111-E03 006-111-H01 006-113-C12 006-114-C10 006-115-B02 006-117-D11 006-117-E01 009-131-C02 009-133-G05 009-152-E01 009-154-E08 009-194-D09 009-194-H07 009-196-C11 012-010-E10 013-018-C05 013-074-A06 013-078-E06 AB009665 AF022737 AJ224327 AK061769 AK103807 AK104658 J013065I12 J013067L09 J013089I10 J013095N22 J013130E17 J013131A06 J013154E06 J023004D16 J023010A15 J023010H04 J023049K10 J023056H24 J023064J12 J023078I06 J023081D05 J023099I19 J023100F05 J023131F16 J033025F16 J033028F10 J033058H13 J033064P18 J033070H04 J033107P20 J033114E09 J033125G23 J033136G05 J033147A07 J053048M24 J053056K02 J053057N24 J053060C13 J065053C22 J065067J11 J065085A01 J065189K01 J075024G24 J075060O04 J075075M07 J075090A10 J075110P11 J075114H02 J075127L13 J075151B19 J075187M17 J075198E22 J080006J20 J080081J10 J080087C03 J090029E22 J090037C19 J090037P10 J090047M10 J090055D22 J090055K05 J090057N19 J090062M13 J090066F22 J090066N12 J090071K08 J090080F16 J090081J21 J090083F22 J090083I12 J090088B16 J090088E01 J090091C11 J090091F17 J090097A05 J090098B15 J100018B04 J100021J08 J100026M12 J100032F02 J100034B03 J100037D13 J100041C16 J100044D14 J100044E21 J100047M16 J100051D22 J100056M13 J100061J12 J100065A22 J100067L12 J100068F06 J100070C24 J100072N09 J100073A10 J100073B15 J100077F05 J100078B03 J100078F01 J100079B08 J100083J06 TSS from cDNA TSS information 006-074-A02 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of 006-074-A02

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone + 27931256 -57

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	27931256	-57

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CCTTTATA + 27931222 27931229 -91 -84

Y Patch CTCCTCTCTCTC + 27931238 27931249 -75 -64

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CCTTTATA`	+	27931222	27931229	-91	-84
Y Patch	`CTCCTCTCTCTC`	+	27931238	27931249	-75	-64
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CTGGCCCACCAGGGCCCACGC + 27931119 27931139 -194 -174

OsREG577 CTGGCCCA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG654 TGGCCCAC             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG628   GGCCCACC            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG599    GCCCACCA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG475           AGGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG640            GGGCCCAC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG571             GGCCCACG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG602              GCCCACGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CTGGCCCACCAGGGCCCACGC`		+	27931119	27931139	-194	-174
	OsREG577	`CTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG654	`TGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG628	`GGCCCACC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG599	`GCCCACCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG475	`AGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG640	`GGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG571	`GGCCCACG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG602	`GCCCACGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None