version
PlantPromoterDB promoter information of 006-089-C09

Summary of Gene (006-089-C09)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 3  
Locus Os03g0265400        NCBI 
Gene model 006-089-C09  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 8799977-8801176)

Genome position     
from initiation codon
011-009-B11         
AK101498            
J043024D03          
J065096I09          
J100071C08          
TSS from cDNA
TSS information
006-089-C09                      5'->3' (+)
Promoter sequence


 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of 006-089-C09

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneGclone+8804214-113
TSS clone peakGclone+8804263-64
TSS cloneAclone+8804265-62

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTAATGGGCCGTTT+88039928804004-335-323
 OsREG610TAATGGGC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG431 AATGGGCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG490  ATGGGCCG    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG445   TGGGCCGT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifAACAAAC 
 OsREG423    GGGCCGTT  PPDB MotifGCCCA, AAACG(C/G)  PLACE Motif 
 OsREG420     GGCCGTTT PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakAclone+8800606AK101498, 011-009-B11, AK101498, J065096I09, J100071C08, J043024D03

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTTCCCC+88005638800570011-009-B11, AK101498, J043024D03, J065096I09, J100071C08
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCACGGCCCG+88005278800535011-009-B11, AK101498, J043024D03, J065096I09, J100071C08
 OsREG504CACGGCCC  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG446 ACGGCCCG PPDB MotifACGGGC  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.