PlantPromoterDB promoter information of 006-096-F12

Summary of Gene (006-096-F12)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	8
Locus	Os08g0130500 NCBI
Gene model	006-096-F12
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 8: 1719012-1717813)

`Genome position from initiation codon` `AK065929 TSS from cDNA TSS information 006-096-F12 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of 006-096-F12

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 1722140 -128

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	1722140	-128

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CCACTATAAATA - 1722167 1722178 -155 -166

Y Patch CTCCTCCTC - 1722093 1722101 -81 -89

Y Patch TCCCTCTC - 1722179 1722186 -167 -174

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CCACTATAAATA`	-	1722167	1722178	-155	-166
Y Patch	`CTCCTCCTC`	-	1722093	1722101	-81	-89
Y Patch	`TCCCTCTC`	-	1722179	1722186	-167	-174
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCAAGCCCATCAGGCCCACCAAC - 1722202 1722224 -190 -212

OsREG519 CCAAGCCC                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG496 CAAGCCCA               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG429   AAGCCCAT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG466    AGCCCATC             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG607     GCCCATCA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG646          TCAGGCCC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG513           CAGGCCCA      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG472            AGGCCCAC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG628             GGCCCACC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG599              GCCCACCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG520                CCACCAAC PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

REG AGCCCAATAAGGCCCATCT - 1722257 1722275 -245 -263

OsREG460 AGCCCAAT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG596 GCCCAATA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG430         AAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG474          AGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG590           GGCCCATC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG456            GCCCATCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CAAGGCCCATAC - 1722283 1722294 -271 -282

OsREG497 CAAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG430 AAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG474   AGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG630    GGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG606     GCCCATAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCAAGCCCATCAGGCCCACCAAC`		-	1722202	1722224	-190	-212
	OsREG519	`CCAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG496	`CAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG429	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG466	`AGCCCATC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG607	`GCCCATCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG646	`TCAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG513	`CAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG472	`AGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG628	`GGCCCACC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG599	`GCCCACCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG520	`CCACCAAC`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
REG	`AGCCCAATAAGGCCCATCT`		-	1722257	1722275	-245	-263
	OsREG460	`AGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG596	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG430	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG474	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG590	`GGCCCATC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG456	`GCCCATCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CAAGGCCCATAC`		-	1722283	1722294	-271	-282
	OsREG497	`CAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG430	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG474	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG630	`GGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG606	`GCCCATAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None