PlantPromoterDB promoter information of 009-033-D05

Summary of Gene (009-033-D05)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	7
Locus	Os07g0462700 NCBI
Gene model	009-033-D05
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 7: 16923917-16925116)

`Genome position from initiation codon` AK073834 AK104968 J065104G16 J065152D09 J065162J09 J065197C14 J065213E17 J065215D11 J075001J15 J075026M11 J075142G03 J075178H04 J100069P18 TSS from cDNA TSS information 009-033-D05 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of 009-033-D05

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone + 16924913 -4

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	+	16924913	-4

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GCCCGGCCC + 16924741 16924749 -176 -168

OsREG614 GCCCGGCC PPDB Motif PLACE Motif

OsREG538 CCCGGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTTTGGGCCTTG + 16924752 16924763 -165 -154

OsREG592 TTTTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG625 TTTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG471   TTGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG430    TGGGCCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG497     GGGCCTTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TCCGGGCC + 16924769 16924776 -148 -141

OsREG633 TCCGGGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG ATTGGGCCGGT + 16924790 16924800 -127 -117

OsREG492 ATTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG563 TTGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG542   TGGGCCGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG440    GGGCCGGT PPDB Motif GCCCA, AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TCCGGGCC + 16924843 16924850 -74 -67

OsREG633 TCCGGGCC PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GCCCGGCCC`		+	16924741	16924749	-176	-168
	OsREG614	`GCCCGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG538	`CCCGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TTTTGGGCCTTG`		+	16924752	16924763	-165	-154
	OsREG592	`TTTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG625	`TTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG471	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG430	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG497	`GGGCCTTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TCCGGGCC`		+	16924769	16924776	-148	-141
	OsREG633	`TCCGGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATTGGGCCGGT`		+	16924790	16924800	-127	-117
	OsREG492	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG563	`TTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG542	`TGGGCCGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG440	`GGGCCGGT`		PPDB Motif	`GCCCA, AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TCCGGGCC`		+	16924843	16924850	-74	-67
	OsREG633	`TCCGGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None