version
PlantPromoterDB promoter information of 009-038-C11

Summary of Gene (009-038-C11)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 7  
Locus Os07g0164200        NCBI 
Gene model 009-038-C11  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 7: 3476128-3477327)

Genome position     
from initiation codon
AK059382            
AK107096            
TSS from cDNA
TSS information
009-038-C11                      5'->3' (+)
Promoter sequence





 
011-096-A07         
AK111557            
J013057F02          
J013067D03          
J013153E06          
J023075B07          
J033123F15          
J075015N20          
J075097D05          
J075125O19          
J075164K15          
J075166K02          
J075178N16          
J075187H03          
J090009A22          
J090032P13          
J090048I01          
J090050A04          
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence





 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of 009-038-C11

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakAclone+3477109-19
TSS clone peakAclone+3477115-13

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGTGGGTCC+34769063476913-222-215
 OsREG622GTGGGTCC PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
REGAACTGGGCCAGA+34769973477008-131-120
 OsREG425AACTGGGC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG454 ACTGGGCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG578  CTGGGCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG577   TGGGCCAG  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG638    GGGCCAGA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakGclone-3476860AK111557, AK111557

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGGACCCAC-34769063476913AK111557
 OsREG622GGACCCAC PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
REGTCTGGCCCAGTT-34769973477008AK111557
 OsREG638TCTGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG577 CTGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG578  TGGCCCAG   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG454   GGCCCAGT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG425    GCCCAGTT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGCTGGGCCTA-34771413477150AK111557
 OsREG620GCTGGGCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG473 CTGGGCCT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG656  TGGGCCTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.