version
PlantPromoterDB promoter information of 009-071-C12

Summary of Gene (009-071-C12)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 2  
Locus Os02g0673600        NCBI 
Gene model 009-071-C12  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 28309134-28310333)

Genome position     
from initiation codon
J023037G24          
J023038E07          
J023142L24          
J023149O12          
J033115B14          
J065115G19          
J075004B15          
J075067J21          
J075072K07          
J075147H21          
J075154F03          
J075163K22          
J090039E20          
J090095G22          
TSS from cDNA
TSS information
009-071-C12                      5'->3' (+)
Promoter sequence









 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of 009-071-C12

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakCclone+28309782-352

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTCCTCCTTCCT+2830973928309751-395-383
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGCCCATCA+2830954628309553-588-581
 OsREG607GCCCATCA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGAAGGCCCAGTA+2830959828309608-536-526
 OsREG430AAGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG473 AGGCCCAG   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG454  GGCCCAGT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG604   GCCCAGTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGAGGGCCCAGA+2830962328309632-511-502
 OsREG475AGGGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG579 GGGCCCAG  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG629  GGCCCAGA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTCCGGCCCATGAGGGGCCCAATA+2830964028309662-494-472
 OsREG644TCCGGCCC                PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG542 CCGGCCCA               PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG490  CGGCCCAT              PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG517   GGCCCATG             PPDB MotifGCCCA, CCATGG  PLACE Motif 
 OsREG609    GCCCATGA            PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG647            GGGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG639             GGGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG492              GGCCCAAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG596               GCCCAATA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.