PlantPromoterDB promoter information of 009-129-D11

Summary of Gene (009-129-D11)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	5
Locus	Os05g0445500 NCBI
Gene model	009-129-D11
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 21882943-21884142)

`Genome position from initiation codon` 009-021-C05 009-147-E04 009-169-C11 AK058730 AK121459 J023001K23 J023107J19 J023143J09 J065049D04 J065092I06 J065188H04 TSS from cDNA TSS information 009-129-D11 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of 009-129-D11

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone + 21881246 -847

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	21881246	-847

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCGCTATATATG + 21881202 21881213 -891 -880

Y Patch TCCTCCCCT + 21881258 21881266 -835 -827

Y Patch TCTTCCCC + 21881284 21881291 -809 -802

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCGCTATATATG`	+	21881202	21881213	-891	-880
Y Patch	`TCCTCCCCT`	+	21881258	21881266	-835	-827
Y Patch	`TCTTCCCC`	+	21881284	21881291	-809	-802
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTGTGGGCT + 21880953 21880961 -1140 -1132

OsREG597 TTGTGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG461 TGTGGGCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TCATGGGCT + 21880967 21880975 -1126 -1118

OsREG609 TCATGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG467 CATGGGCT PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

REG TCTGGCCCATT + 21880982 21880992 -1111 -1101

OsREG638 TCTGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG577 CTGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG488   TGGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG431    GGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GCAGCCCATG + 21881012 21881021 -1081 -1072

OsREG591 GCAGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG491 CAGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG467   AGCCCATG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

REG TCCGGCCCATGGGCCGTGGGCCTC + 21881093 21881116 -1000 -977

OsREG644 TCCGGCCC                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG542 CCGGCCCA                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG525     GCCCATGGGC           PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

OsREG517    GGCCCATGGGCC          PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

OsREG490   CGGCCCATGGGCCG         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG445          TGGGCCGT        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif AACAAAC

OsREG504           GGGCCGTG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG521            GGCCGTGG      PPDB Motif PLACE Motif

OsREG547              CCGTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG571               CGTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG472                GTGGGCCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG587                 TGGGCCTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATCCAACGG + 21881146 21881154 -947 -939

OsREG481 ATCCAACG PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

OsREG548 TCCAACGG PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

REG CGTTCCGT + 21881193 21881200 -900 -893

OsREG444 CGTTCCGT PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTGTGGGCT`		+	21880953	21880961	-1140	-1132
	OsREG597	`TTGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG461	`TGTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TCATGGGCT`		+	21880967	21880975	-1126	-1118
	OsREG609	`TCATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG467	`CATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
REG	`TCTGGCCCATT`		+	21880982	21880992	-1111	-1101
	OsREG638	`TCTGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG577	`CTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG488	`TGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG431	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GCAGCCCATG`		+	21881012	21881021	-1081	-1072
	OsREG591	`GCAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG491	`CAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG467	`AGCCCATG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
REG	`TCCGGCCCATGGGCCGTGGGCCTC`		+	21881093	21881116	-1000	-977
	OsREG644	`TCCGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG542	`CCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG525	`GCCCATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	OsREG517	`GGCCCATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	OsREG490	`CGGCCCATGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG445	`TGGGCCGT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`AACAAAC`
	OsREG504	`GGGCCGTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG521	`GGCCGTGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG547	`CCGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG571	`CGTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG472	`GTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG587	`TGGGCCTC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATCCAACGG`		+	21881146	21881154	-947	-939
	OsREG481	`ATCCAACG`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
	OsREG548	`TCCAACGG`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
REG	`CGTTCCGT`		+	21881193	21881200	-900	-893
	OsREG444	`CGTTCCGT`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None