PlantPromoterDB promoter information of 011-023-C06

Summary of Gene (011-023-C06)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	7
Locus	Os07g0604500 NCBI
Gene model	011-023-C06
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 7: 25423603-25422404)

`Genome position from initiation codon` 009-018-C07 009-194-C02 015-035-B10 AK064312 AK069085 J090050I12 J100027C10 J100029A05 J100031P17 J100039E20 J100064L15 J100066K08 TSS from cDNA TSS information 011-023-C06 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of 011-023-C06

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone - 25423705 -102

TSS clone peak A clone - 25423703 -100

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	-	25423705	-102
TSS clone peak	`A`	clone	-	25423703	-100

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTCCTCCTCCC - 25423662 25423673 -59 -70

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTCCTCCTCCC`	-	25423662	25423673	-59	-70
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGGGCCCACT - 25423769 25423778 -166 -175

OsREG647 GGGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG640 GGGCCCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG478   GGCCCACT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AGTGGGCCCCACC - 25423786 25423798 -183 -195

OsREG478 AGTGGGCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG640 GTGGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG647   TGGGCCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG641    GGGCCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG631     GGCCCCAC PPDB Motif PLACE Motif

OsREG612      GCCCCACC PPDB Motif PLACE Motif

REG CCTGGGCCTA - 25423903 25423912 -300 -309

OsREG550 CCTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG473 CTGGGCCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG656   TGGGCCTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AGTTGGGCTGA - 25423921 25423931 -318 -328

OsREG479 AGTTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG458 GTTGGGCT   PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif

OsREG511   TTGGGCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG657    TGGGCTGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATTTGGGCTGA - 25423952 25423962 -349 -359

OsREG493 ATTTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG457 TTTGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG511   TTGGGCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG657    TGGGCTGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CTTGGGCTGA - 25423984 25423993 -381 -390

OsREG459 CTTGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG511 TTGGGCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG657   TGGGCTGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGGGCCCACT`		-	25423769	25423778	-166	-175
	OsREG647	`GGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG640	`GGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG478	`GGCCCACT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AGTGGGCCCCACC`		-	25423786	25423798	-183	-195
	OsREG478	`AGTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG640	`GTGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG647	`TGGGCCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG641	`GGGCCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG631	`GGCCCCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG612	`GCCCCACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CCTGGGCCTA`		-	25423903	25423912	-300	-309
	OsREG550	`CCTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG473	`CTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG656	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AGTTGGGCTGA`		-	25423921	25423931	-318	-328
	OsREG479	`AGTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG458	`GTTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif
	OsREG511	`TTGGGCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG657	`TGGGCTGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATTTGGGCTGA`		-	25423952	25423962	-349	-359
	OsREG493	`ATTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG457	`TTTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG511	`TTGGGCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG657	`TGGGCTGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CTTGGGCTGA`		-	25423984	25423993	-381	-390
	OsREG459	`CTTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG511	`TTGGGCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG657	`TGGGCTGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None