PlantPromoterDB promoter information of 012-092-G08

Summary of Gene (012-092-G08)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	8
Locus	Os08g0473900 NCBI
Gene model	012-092-G08
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 8: 23427855-23429054)

`Genome position from initiation codon` `Os08g0473700 TSS from cDNA TSS information 012-092-G08 5'->3' (+) Promoter sequence 015-065-A07 AK064124 J065031A07 J065129E01 J065134I05 J065212K13 J065217M14 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of 012-092-G08

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone + 23429295 -160

TSS clone peak A clone + 23429363 -92

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	23429295	-160
TSS clone peak	`A`	clone	+	23429363	-92

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCTATATATG + 23429328 23429337 -127 -118

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCTATATATG`	+	23429328	23429337	-127	-118
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACCGGGCCCC + 23429194 23429203 -261 -252

OsREG441 ACCGGGCC PPDB Motif PLACE Motif

OsREG543 CCGGGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG567 CGGGCCCC PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif

REG TCCACGCC + 23429255 23429262 -200 -193

OsREG636 TCCACGCC PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACCGGGCCCC`		+	23429194	23429203	-261	-252
	OsREG441	`ACCGGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG543	`CCGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG567	`CGGGCCCC`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif
REG	`TCCACGCC`		+	23429255	23429262	-200	-193
	OsREG636	`TCCACGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak G clone - 23427991 J065031A07, J065031A07, J065134I05, J065212K13, J065217M14, J065129E01

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`G`	clone	-	23427991	J065031A07, J065031A07, J065134I05, J065212K13, J065217M14, J065129E01

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCCTCCCTCT - 23428029 23428039 J065031A07, J065129E01, J065134I05, J065212K13, J065217M14

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCCTCCCTCT`	-	23428029	23428039	J065031A07, J065129E01, J065134I05, J065212K13, J065217M14
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AATTGGGCCCACGTGTC - 23428050 23428066 J065031A07, J065129E01, J065134I05, J065212K13, J065217M14

OsREG433 AATTGGGC          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG492 ATTGGGCC         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG639   TTGGGCCC        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG640     GGGCCCAC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG571      GGCCCACG     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG449       GCCCACGT    PPDB Motif GCCCA, ACGT PLACE Motif ACGTSSSC

OsREG508        CCCACGTG   PPDB Motif ACGT PLACE Motif

OsREG434         CCACGTGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif

OsREG509          CACGTGTC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGTGKC

REG CTCCCCCA - 23428190 23428197 J065031A07, J065129E01, J065134I05, J065212K13, J065217M14

OsREG574 CTCCCCCA PPDB Motif PLACE Motif