version
PlantPromoterDB promoter information of 014-053-H06

Summary of Gene (014-053-H06)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 2  
Locus Os02g0467200        NCBI 
Gene model 014-053-H06  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 16506528-16505329)

Genome position     
from initiation codon
AK063704            
AK064583            
J065197J05          
J075061L22          
J075067P13          
J075095B13          
J075153L06          
J075161P10          
J075183O16          
J075184B22          
TSS from cDNA
TSS information
014-053-H06                      5'->3' (-)
Promoter sequence







 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of 014-053-H06

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakAclone-16505530-2

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGTGGCCCATT-1650557016505579-42-51
 OsREG653GTGGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG488 TGGCCCAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG431  GGCCCATT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGAAGCCCATAA-1650558116505591-53-63
 OsREG582GAAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG429 AAGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG465  AGCCCATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG605   GCCCATAA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGGCCCGTT-1650559616505603-68-75
 OsREG424GGCCCGTT PPDB MotifAAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG  PLACE Motif 
REGCACGTCACAAAAGCCCATT-1650560816505626-80-98
 OsREG505CACGTCAC            PPDB MotifACGT  PLACE MotifTGAC 
 OsREG419        AAAAGCCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG421         AAAGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG429          AAGCCCAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG432           AGCCCATT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.