version
PlantPromoterDB promoter information of 014-100-B04

Summary of Gene (014-100-B04)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 5  
Locus Os05g0519700        NCBI 
Gene model 014-100-B04  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 25869218-25868019)

Genome position     
from initiation codon
012-041-G06         
AF332981            
AK100903            
AK105433            
TSS from cDNA
TSS information
014-100-B04                      5'->3' (-)
Promoter sequence







 
AK069435            
J023024L22          
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence








 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of 014-100-B04

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakAclone-25868407-189

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTCCTCCC-2586836925868376-151-158
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTCGTGGGCCCCACA-2586850625868519-288-301
 OsREG601TCGTGGGC       PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG571 CGTGGGCC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG640  GTGGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG647   TGGGCCCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG641    GGGCCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG631     GGCCCCAC  PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG611      GCCCCACA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGATCCAACGG-2586853025868538-312-320
 OsREG481ATCCAACG  PPDB MotifCCAACGG  PLACE Motif 
 OsREG548 TCCAACGG PPDB MotifCCAACGG  PLACE Motif 
REGCGCGTCGCCCATCG-2586855625868569-338-351
 OsREG559CGCGTCGC       PPDB Motif  PLACE MotifCGACG 
 OsREG553      GCCCATCG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGTGGGACCC-2586859325868601-375-383
 OsREG650GTGGGACC  PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
 OsREG648 TGGGACCC PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
REGCGCCACGTGGC-2586869125868701-473-483
 OsREG448CGCCACGT    PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGTGKC 
 OsREG507 GCCACGTGGC PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGTGKC 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakGclone+25868877AK069435, AK069435, J023024L22

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTCCTCTCCTCCTCC+2586884225868856AK069435, J023024L22
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGGGTCCCAC+2586859325868601AK069435, J023024L22
 OsREG648GGGTCCCA  PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
 OsREG650 GGTCCCAC PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
REGGCCACGTGGCG+2586869125868701AK069435, J023024L22
 OsREG507GCCACGTGGC  PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGTGKC 
 OsREG448   ACGTGGCG PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGTGKC 
REGCTGGCCCAGC+2586870825868717AK069435, J023024L22
 OsREG577CTGGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG578 TGGCCCAG  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG620  GGCCCAGC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGATCCAACGGCT+2586875325868763AK069435, J023024L22
 OsREG481ATCCAACG    PPDB MotifCCAACGG  PLACE Motif 
 OsREG548 TCCAACGG   PPDB MotifCCAACGG  PLACE Motif 
 OsREG518  CCAACGGC  PPDB MotifCCAACGG  PLACE Motif 
 OsREG469   CAACGGCT PPDB MotifCCAACGG  PLACE Motif 
REGGGCGTGGA+2586877425868781AK069435, J023024L22
 OsREG636GGCGTGGA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCCGAGCCGTCC+2586878725868797AK069435, J023024L22
 OsREG540CCGAGCCG    PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG468   AGCCGTCC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCGCGTCGCGTC+2586882425868834AK069435, J023024L22
 OsREG559CGCGTCGC    PPDB Motif  PLACE MotifCGACG 
 OsREG556 GCGTCGCG   PPDB Motif  PLACE MotifCGACG 
 OsREG583   GTCGCGTC PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.