version
PlantPromoterDB promoter information of 015-026-D07

Summary of Gene (015-026-D07)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 5  
Locus Os05g0490000        NCBI 
Gene model 015-026-D07  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 24125572-24124373)

Genome position     
from initiation codon
011-076-C07         
015-074-A08         
AK064335            
AK101340            
J033034J18          
TSS from cDNA
TSS information
015-026-D07                      5'->3' (-)
Promoter sequence






 
009-022-G07         
009-156-H07         
AK120984            
J013044M15          
J023042D20          
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of 015-026-D07

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakAclone-24125040-468
TSS clone peakCclone-24125034-462

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTCCTCTC-2412504924125056-477-484
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGGTGGGACCCA-2412508824125098-516-526
 OsREG651GGTGGGAC    PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
 OsREG650 GTGGGACC   PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
 OsREG648  TGGGACCC  PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
 OsREG637   GGGACCCA PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
REGAGATGGGCCTT-2412510624125116-534-544
 OsREG456AGATGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG590 GATGGGCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG474  ATGGGCCT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG430   TGGGCCTT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCTTGGGCCGTA-2412512524125135-553-563
 OsREG581CTTGGGCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG563 TTGGGCCG   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG445  TGGGCCGT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifAACAAAC 
 OsREG645   GGGCCGTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCCTGGGCCTC-2412514224125151-570-579
 OsREG550CCTGGGCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG473 CTGGGCCT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG587  TGGGCCTC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.