PlantPromoterDB promoter information of AK058993

Summary of Gene (AK058993)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	8
Locus	Os08g0431500 NCBI
Gene model	AK058993
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 8: 20957661-20958860)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AK058993 5'->3' (+) Promoter sequence Os08g0431400 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AK058993

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone + 20961593 -368

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	20961593	-368

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GCCACGTC + 20961344 20961351 -617 -610

OsREG585 GCCACGTC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGTGKC

REG AGGTGGGC + 20961367 20961374 -594 -587

OsREG476 AGGTGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATTTGGGCCGGGC + 20961488 20961500 -473 -461

OsREG493 ATTTGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG625 TTTGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG563   TTGGGCCG    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG542    TGGGCCGG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG538     GGGCCGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG614      GGCCGGGC PPDB Motif PLACE Motif

REG GGCCCGGCCCATTT + 20961532 20961545 -429 -416

OsREG616 GGCCCGGC       PPDB Motif PLACE Motif

OsREG614 GCCCGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

OsREG538   CCCGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG542    CCGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG490     CGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG431      GGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG422       GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GCCACGTC`		+	20961344	20961351	-617	-610
	OsREG585	`GCCACGTC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGTGKC`
REG	`AGGTGGGC`		+	20961367	20961374	-594	-587
	OsREG476	`AGGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATTTGGGCCGGGC`		+	20961488	20961500	-473	-461
	OsREG493	`ATTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG625	`TTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG563	`TTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG542	`TGGGCCGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG538	`GGGCCGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG614	`GGCCGGGC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GGCCCGGCCCATTT`		+	20961532	20961545	-429	-416
	OsREG616	`GGCCCGGC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG614	`GCCCGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG538	`CCCGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG542	`CCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG490	`CGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG431	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG422	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None