version
PlantPromoterDB promoter information of AK061324

Summary of Gene (AK061324)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 4  
Locus Os04g0462900        NCBI 
Gene model AK061324  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 4: 23517354-23516155)

Genome position     
from initiation codon
006-094-A02         
006-097-F05         
009-129-A10         
015-042-F07         
AK058481            
AK099100            
AK102579            
AK106322            
J065059J20          
J065085I02          
J065118N23          
J065208K24          
J075053B14          
J075097M22          
J075184B07          
J075194A15          
J080315G03          
J090088H19          
TSS from cDNA
TSS information
AK061324                         5'->3' (-)
Promoter sequence





 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AK061324

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakAclone-23516496-142
TSS clone peakAclone-23516475-121

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCCTCCCC-2351646123516468-107-114
Y PatchCTCCTCCTC-2351648523516493-131-139
Y PatchCCCCTCCCC-2351651523516523-161-169
Y PatchTCTCTCCCC-2351653423516542-180-188
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGAATGGGCCACCACCTGTC-2351656923516586-215-232
 OsREG431AATGGGCC           PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG488 ATGGGCCA          PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG653  TGGGCCAC         PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG436         CCACCTGT  PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG501          CACCTGTC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCACGGCCCGTT-2351664523516655-291-301
 OsREG504CACGGCCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG446 ACGGCCCG   PPDB MotifACGGGC  PLACE Motif 
 OsREG424   GGCCCGTT PPDB MotifAAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG  PLACE Motif 
REGAGCCCATTA-2351667423516682-320-328
 OsREG432AGCCCATT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG610 GCCCATTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGAGCCCATTT-2351670923516717-355-363
 OsREG432AGCCCATT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG422 GCCCATTT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCTTGGGCCTT-2351673123516740-377-386
 OsREG581CTTGGGCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG471 TTGGGCCT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG430  TGGGCCTT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCCCACCTG-2351677823516785-424-431
 OsREG514CCCACCTG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.