version
PlantPromoterDB promoter information of AK061722

Summary of Gene (AK061722)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 2  
Locus Os02g0533900        NCBI 
Gene model AK061722  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 20505396-20506595)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AK061722                         5'->3' (+)
Promoter sequence

 
009-149-F12         
013-058-H02         
014-017-G07         
014-028-F04         
014-050-G04         
014-095-F04         
014-099-C08         
016-046-F05         
AK121139            
J013104A14          
J023077F13          
J023145I11          
J065033D14          
J065079I15          
J065104E21          
J065128E06          
J065174F07          
J065195B12          
J065207B12          
J080304M24          
J090040A13          
J090054B18          
J100037A06          
J100042F24          
J100043N23          
J100044H14          
J100056K24          
J100063O22          
J100071G05          
J100078G15          
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AK061722

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakGclone+20507823-73

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTCTGGGCCTA+2050754420507553-352-343
 OsREG629TCTGGGCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG473 CTGGGCCT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG656  TGGGCCTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGTTTGGGCCTC+2050756420507574-332-322
 OsREG593GTTTGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG625 TTTGGGCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG471  TTGGGCCT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG587   TGGGCCTC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCCCGGCCCGGCC+2050758120507592-315-304
 OsREG538CCCGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG544  CGGCCCGG   PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG616   GGCCCGGC  PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG614    GCCCGGCC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCCACCAAC+2050764420507651-252-245
 OsREG520CCACCAAC PPDB MotifCCAACGG  PLACE Motif 
REGCGGATCGGACGG+2050765920507670-237-226
 OsREG541CGGATCGG     PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG589  GATCGGAC   PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG484   ATCGGACG  PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG545    TCGGACGG PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.