PlantPromoterDB promoter information of AK062981

Summary of Gene (AK062981)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	3
Locus	Os03g0685900 NCBI
Gene model	AK062981
Description	Conserved hypothetical protein.

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 28128187-28129386)

`Genome position from initiation codon` 009-026-A09 009-145-C09 J065001D12 J065023B10 J065041E10 J065046C01 J065146I22 J065184F20 J075011E15 J075048H17 J075070H15 J075133C01 J075170D02 J090001G08 J090026B09 J100055M03 TSS from cDNA TSS information AK062981 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AK062981

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone + 28125350 -37

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	28125350	-37

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CTGGCCCATCA + 28125220 28125230 -167 -157

OsREG577 CTGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG488 TGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG590   GGCCCATC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG607    GCCCATCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TATTGGGCCGGT + 28125246 28125257 -141 -130

OsREG596 TATTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG492 ATTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG563   TTGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG542    TGGGCCGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG440     GGGCCGGT PPDB Motif GCCCA, AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CTGGCCCATCA`		+	28125220	28125230	-167	-157
	OsREG577	`CTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG488	`TGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG590	`GGCCCATC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG607	`GCCCATCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TATTGGGCCGGT`		+	28125246	28125257	-141	-130
	OsREG596	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG492	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG563	`TTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG542	`TGGGCCGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG440	`GGGCCGGT`		PPDB Motif	`GCCCA, AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None