version
PlantPromoterDB promoter information of AK065623

Summary of Gene (AK065623)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 12  
Locus Os12g0168000        NCBI 
Gene model AK065623  
Description 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase family protein.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 12: 3430011-3431210)

Genome position     
from initiation codon
005-004-A06         
006-024-H01         
006-044-H12         
006-053-B08         
015-080-F12         
AK060925            
AK072953            
D12630              
D38597              
J013046A17          
J013048A16          
J013057L14          
J023058G08          
J023058I08          
J023078E17          
J023087E03          
J023097D18          
J023141E14          
J023150P21          
J033045K05          
J033071G03          
J033071I15          
J033136D08          
J043012M21          
J043015C13          
J053031L19          
J053050C01          
J053055I20          
J053073P03          
J053074B18          
J053091I08          
J053097N01          
J065058A02          
J065141H11          
J075019D10          
J075078G18          
J075094C12          
J075165H12          
J090011E05          
J090021H18          
J090027N07          
J090035F04          
J090050F21          
J090051M02          
J090060F21          
J090075G15          
J090092P11          
J090097B18          
J100018D10          
J100019C17          
J100022O04          
J100024I20          
J100034G13          
J100048A13          
J100050P18          
J100054B21          
J100062L01          
J100065E11          
J100074P09          
J100086E10          
J100090L12          
TSS from cDNA
TSS information
AK065623                         5'->3' (+)
Promoter sequence








 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AK065623

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakAclone+3430988-23

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCCTCTCCT+34310143431021310
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGGTCCCAC+34308803430887-131-124
 OsREG650GGTCCCAC PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
REGGGTCCCACCTGTCAGTG+34309203430936-91-75
 OsREG650GGTCCCAC          PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
 OsREG651 GTCCCACC         PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
 OsREG514   CCCACCTG       PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG436    CCACCTGT      PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG501     CACCTGTC     PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG551       CCTGTCAG   PPDB Motif  PLACE MotifTGAC 
 OsREG453        CTGTCAGT  PPDB Motif  PLACE MotifTGAC 
 OsREG510         TGTCAGTG PPDB Motif  PLACE MotifTGAC 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakGclone+3431157AK072953

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGTGACGTG+34310983431105AK072953
 OsREG505GTGACGTG PPDB MotifACGT  PLACE MotifTGAC 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.