PlantPromoterDB promoter information of AK066093

Summary of Gene (AK066093)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	2
Locus	Os02g0688900 NCBI
Gene model	AK066093
Description	GPI transamidase subunit PIG-U family protein.

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 29145191-29143992)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AK066093 5'->3' (-) Promoter sequence AK109306 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AK066093

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 29143720 -29

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	29143720	-29

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAGGCCCAAT - 29143774 29143783 -83 -92

OsREG430 AAGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG471 AGGCCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG492   GGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GAAGCCCAACT - 29143823 29143833 -132 -142

OsREG582 GAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG426 AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG458   AGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif

OsREG479    GCCCAACT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATTTGGGCCAT - 29143853 29143863 -162 -172

OsREG493 ATTTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG625 TTTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG659   TTGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG487    TGGGCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAGGCCCAAT`		-	29143774	29143783	-83	-92
	OsREG430	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG471	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG492	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GAAGCCCAACT`		-	29143823	29143833	-132	-142
	OsREG582	`GAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG426	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG458	`AGCCCAAC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif
	OsREG479	`GCCCAACT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATTTGGGCCAT`		-	29143853	29143863	-162	-172
	OsREG493	`ATTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG625	`TTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG659	`TTGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG487	`TGGGCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak G clone + 29145138 AK109306, AK109306

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`G`	clone	+	29145138	AK109306, AK109306

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None