version
PlantPromoterDB promoter information of AK067846

Summary of Gene (AK067846)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 5  
Locus Os05g0300700        NCBI 
Gene model AK067846  
Description Conserved hypothetical protein.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 13452795-13453994)

Genome position     
from initiation codon
014-079-G07         
AK063728            
J013127H21          
J043021F04          
J065090M13          
J065092A09          
J065163F11          
J065193K15          
J065209C03          
J065213A07          
J090019E20          
J090082L16          
J100059G15          
TSS from cDNA
TSS information
AK067846                         5'->3' (+)
Promoter sequence






 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AK067846

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakGclone+13453626-169

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCCTCCTCCCCC+1345357913453589-216-206
Y PatchCCCCCTCCTCTT+1345360413453615-191-180
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTAGGCCCACTGAC+1345337213453384-423-411
 OsREG656TAGGCCCA      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG472 AGGCCCAC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG478  GGCCCACT    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG522     CCACTGAC PPDB Motif  PLACE MotifTGAC 
REGGGTGGGACCCAC+1345343013453441-365-354
 OsREG651GGTGGGAC     PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
 OsREG650 GTGGGACC    PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
 OsREG648  TGGGACCC   PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
 OsREG637   GGGACCCA  PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
 OsREG622    GGACCCAC PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
REGCACACACC+1345357313453580-222-215
 OsREG499CACACACC PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakAclone+13453833014-079-G07, AK063728

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCCCCCCCCTC+1345380013453809014-079-G07, AK063728
Y PatchTCTCTCTC+1345383513453842014-079-G07, AK063728
Y PatchCCTTCCTC+1345385713453864014-079-G07, AK063728
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGAGACGCG+1345373013453737014-079-G07, AK063728
 OsREG560GAGACGCG PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.