version
PlantPromoterDB promoter information of AK068347

Summary of Gene (AK068347)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 6  
Locus Os06g0257200        NCBI 
Gene model AK068347  
Description Signal recognition particle 9 kDa family protein.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 6: 8198378-8197179)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AK068347                         5'->3' (-)
Promoter sequence








 
                    
Os06g0257300        
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AK068347

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGCAGCCCAAT-81971858197194J053059P05, J075006K03, J075067F07, J075068F14, J075068H14, J075098N06, J075099F08, J075154G24, J075195H09
 OsREG591GCAGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG511 CAGCCCAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG460  AGCCCAAT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGAATTGGGCCCATGG-81972118197224J053059P05, J075006K03, J075067F07, J075068F14, J075068H14, J075098N06, J075099F08, J075154G24, J075195H09
 OsREG433AATTGGGC       PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG492 ATTGGGCC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG639  TTGGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG489    GGGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG517     GGCCCATG  PPDB MotifGCCCA, CCATGG  PLACE Motif 
 OsREG525      GCCCATGG PPDB MotifGCCCA, CCATGG  PLACE Motif 
REGGCGGCCCAAATAAATGGGCCCC-81972678197288J053059P05, J075006K03, J075067F07, J075068F14, J075068H14, J075098N06, J075099F08, J075154G24, J075195H09
 OsREG618GCGGCCCA               PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG563 CGGCCCAA              PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG625  GGCCCAAA             PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG493   GCCCAAAT            PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG422           AAATGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG431            AATGGGCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG489             ATGGGCCC  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG647              TGGGCCCC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTGGGGCCCAAC-81972928197302J053059P05, J075006K03, J075067F07, J075068F14, J075068H14, J075098N06, J075099F08, J075154G24, J075195H09
 OsREG641TGGGGCCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG647 GGGGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG639  GGGCCCAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG626   GGCCCAAC PPDB MotifGCCCA, CCAACGG  PLACE Motif 
REGTCGGCCCAAG-81973098197318J053059P05, J075006K03, J075067F07, J075068F14, J075068H14, J075098N06, J075099F08, J075154G24, J075195H09
 OsREG658TCGGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG563 CGGCCCAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG581  GGCCCAAG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.