PlantPromoterDB promoter information of AK070518

Summary of Gene (AK070518)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	6
Locus	Os06g0726800 NCBI
Gene model	AK070518
Description	G2/mitotic-specific cyclin 2 (B-like cyclin) (CycOs2).

#

Overview

Focused view (chromosome 6: 31798475-31797276)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AK070518 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AK070518

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak T clone - 31795864 -889

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`T`	clone	-	31795864	-889

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCTCCCCTCT - 31795818 31795828 -843 -853

Y Patch TCCCCTCTCCTCC - 31795867 31795879 -892 -904

Y Patch CCTCCCCT - 31795899 31795906 -924 -931

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCTCCCCTCT`	-	31795818	31795828	-843	-853
Y Patch	`TCCCCTCTCCTCC`	-	31795867	31795879	-892	-904
Y Patch	`CCTCCCCT`	-	31795899	31795906	-924	-931
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTTCGGCC - 31795923 31795930 -948 -955

OsREG634 TTTCGGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG GACCGTTG - 31795966 31795973 -991 -998

OsREG495 GACCGTTG PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

REG GATCCGACGGCCCAGAT - 31795979 31795995 -1004 -1020

OsREG588 GATCCGAC          PPDB Motif CCGAC PLACE Motif

OsREG483 ATCCGACG         PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CGACG

OsREG546   TCCGACGG        PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CGACG

OsREG584      GACGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG445       ACGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif AACAAAC

OsREG565        CGGCCCAG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG629         GGCCCAGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG486          GCCCAGAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGGCCTTG - 31796050 31796057 -1075 -1082

OsREG497 GGGCCTTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTTCGGCC`		-	31795923	31795930	-948	-955
	OsREG634	`TTTCGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GACCGTTG`		-	31795966	31795973	-991	-998
	OsREG495	`GACCGTTG`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
REG	`GATCCGACGGCCCAGAT`		-	31795979	31795995	-1004	-1020
	OsREG588	`GATCCGAC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif
	OsREG483	`ATCCGACG`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CGACG`
	OsREG546	`TCCGACGG`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CGACG`
	OsREG584	`GACGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG445	`ACGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`AACAAAC`
	OsREG565	`CGGCCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG629	`GGCCCAGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG486	`GCCCAGAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGGCCTTG`		-	31796050	31796057	-1075	-1082
	OsREG497	`GGGCCTTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None