PlantPromoterDB promoter information of AK071296

Summary of Gene (AK071296)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	5
Locus	Os05g0122900 NCBI
Gene model	AK071296
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 1240957-1239758)

`Genome position from initiation codon` 009-052-C11 009-132-C12 014-091-G03 AB072977 AK099375 AK104970 J065007I09 J065081H07 J065122B18 J065181G15 J065182J07 J065197D23 J065197G08 J065201H20 J090034E11 J100077M04 TSS from cDNA TSS information AK071296 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AK071296

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 1240037 -80

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	1240037	-80

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TCCGGCCCACT - 1240082 1240092 -125 -135

OsREG644 TCCGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG542 CCGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG564   CGGCCCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG478    GGCCCACT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TAATGGGCCGC - 1240121 1240131 -164 -174

OsREG610 TAATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG431 AATGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG490   ATGGGCCG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG618    TGGGCCGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CCACGGCCCAAAT - 1240151 1240163 -194 -206

OsREG521 CCACGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

OsREG504 CACGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG445   ACGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif AACAAAC

OsREG563    CGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG625     GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG493      GCCCAAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TCCGGCCCACT`		-	1240082	1240092	-125	-135
	OsREG644	`TCCGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG542	`CCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG564	`CGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG478	`GGCCCACT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TAATGGGCCGC`		-	1240121	1240131	-164	-174
	OsREG610	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG431	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG490	`ATGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG618	`TGGGCCGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CCACGGCCCAAAT`		-	1240151	1240163	-194	-206
	OsREG521	`CCACGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG504	`CACGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG445	`ACGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`AACAAAC`
	OsREG563	`CGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG625	`GGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG493	`GCCCAAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None