PlantPromoterDB promoter information of AK073102

Summary of Gene (AK073102)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	3
Locus	Os03g0143000 NCBI
Gene model	AK073102
Description	SAM (and some other nucleotide) binding motif domain containing protein.

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 2363167-2361968)

`Genome position from initiation codon` `J033022E04 J033051I24 J065104A15 TSS from cDNA TSS information AK073102 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AK073102

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 2363058 -891

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	2363058	-891

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGCCCGCA - 2363111 2363118 -944 -951

OsREG632 GGCCCGCA PPDB Motif PLACE Motif

REG AAACGGCCCGTT - 2363126 2363137 -959 -970

OsREG420 AAACGGCC     PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

OsREG423 AACGGCCC    PPDB Motif GCCCA, AAACG(C/G) PLACE Motif

OsREG446   ACGGCCCG   PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif

OsREG424     GGCCCGTT PPDB Motif AAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG PLACE Motif

REG TTGTGGGCCTC - 2363140 2363150 -973 -983

OsREG597 TTGTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG627 TGTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG472   GTGGGCCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG587    TGGGCCTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TGAGGGACCCG - 2363262 2363272 -1095 -1105

OsREG652 TGAGGGAC    PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

OsREG569    GGGACCCG PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGCCCGCA`		-	2363111	2363118	-944	-951
	OsREG632	`GGCCCGCA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AAACGGCCCGTT`		-	2363126	2363137	-959	-970
	OsREG420	`AAACGGCC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	OsREG423	`AACGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA, AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	OsREG446	`ACGGCCCG`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif
	OsREG424	`GGCCCGTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG`	PLACE Motif
REG	`TTGTGGGCCTC`		-	2363140	2363150	-973	-983
	OsREG597	`TTGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG627	`TGTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG472	`GTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG587	`TGGGCCTC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TGAGGGACCCG`		-	2363262	2363272	-1095	-1105
	OsREG652	`TGAGGGAC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	OsREG569	`GGGACCCG`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None