version
PlantPromoterDB promoter information of AK073317

Summary of Gene (AK073317)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 3  
Locus Os03g0321900        NCBI 
Gene model AK073317  
Description CMP/dCMP deaminase, zinc-binding domain containing protein.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 11703793-11704992)

Genome position     
from initiation codon
AK107099            
TSS from cDNA
TSS information
AK073317                         5'->3' (+)
Promoter sequence


 
006-065-G02         
AK061075            
AK111447            
J065122E07          
J065187N05          
J065214K09          
J090050M01          
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence







 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AK073317

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakGclone+11703809-984
TSS clone peakGclone+11704662-131

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGGGACCCGGCCGGCCC+1170440311704418-390-375
 OsREG569GGGACCCG         PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
 OsREG615        GCCGGCCC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTCCACGCCTC+1170448211704491-311-302
 OsREG636TCCACGCC   PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG503  CACGCCTC PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakGclone-11704579AK111447, AK111447, J090050M01, J065187N05, 006-065-G02, J065214K09, J065122E07, AK061075

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTCTCCTC-1170453411704541006-065-G02, AK061075, AK111447, J065122E07, J065187N05, J065214K09, J090050M01
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGTGGCCCATTT-1170462411704634006-065-G02, AK061075, AK111447, J065122E07, J065187N05, J065214K09, J090050M01
 OsREG653GTGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG488 TGGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG431  GGCCCATT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG422   GCCCATTT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGGCCGTGGGCCGAGA-1170464011704654006-065-G02, AK061075, AK111447, J065122E07, J065187N05, J065214K09, J090050M01
 OsREG521GGCCGTGG        PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG547  CCGTGGGC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG571   CGTGGGCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG564    GTGGGCCG    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG658     TGGGCCGA   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG575      GGGCCGAG  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG635       GGCCGAGA PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.