version
PlantPromoterDB promoter information of AK073803

Summary of Gene (AK073803)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 7  
Locus Os07g0615900        NCBI 
Gene model AK073803  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 7: 26031391-26032590)

Genome position     
from initiation codon
AK066317            
J013026A07          
J013064I12          
J033068D01          
J033074A10          
J033129C06          
J100035K20          
J100044G13          
J100050K01          
J100069P20          
J100071O09          
J100086K01          
J100089G11          
TSS from cDNA
TSS information
AK073803                         5'->3' (+)
Promoter sequence




 
Os07g0615800        
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AK073803

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakAclone+26032203-188

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTCCTCTCTCC+2603221326032223-178-168
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGCGGGCCCCAG+2603206926032079-322-312
 OsREG619GCGGGCCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG567 CGGGCCCC   PPDB MotifACGGGC  PLACE Motif 
 OsREG641  GGGCCCCA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG580   GGCCCCAG PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCCCCACACG+2603208926032097-302-294
 OsREG535CCCCACAC  PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG526 CCCACACG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGACACGTGGC+2603214726032155-244-236
 OsREG434ACACGTGG  PPDB MotifACGT  PLACE Motif 
 OsREG507 CACGTGGC PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGTGKC 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.